Родился в северной Германии, обучался математике и медицине в университетах Кёнигсберга (1643—45) и Лейдена (1645—49). Получив степень медика, поселился в Амстердаме, где занялся частной практикой. Географические открытия голландских мореплавателей привлекли внимание Варена к географии. Систематизировав более ранние работы, Варен издал две книги:
- 1649 — «Описание Японии» (Descriptio Regni Japoniae). Работа включала в себя переложение более ранних сочинений, посвященных не столько Японии, сколько Юго-Восточной Азии, касающихся в большей степени не географии, а культуры и религии.
- 1650 — «Всеобщая география» (Geographia Generalis). Книга представляет собой общее научное систематизированное описание земного шара, составленное на основе имевшихся на тот момент данных. Особое внимание Варен уделял т. н. «математической географии» (расчету расстояний на земной поверхности, построению карт, определению координат для цели навигации и т. д.). Книга на долгое время стала одной из важнейших работ по физической географии и в течение XVIII в. была переведена на ряд европейских языков (русский перевод вышел в 1718).
Будучи приверженцем механистичных философских взглядов, Варен рассматривал земной шар как жилище человека и стремился дать его максимально точное, научно достоверное описание, а также показать связь между отдельными явлениями природы в их географическом распространении (изменение природных поясов с широтой и т. д.).