Берт Пэтноуд начал свою футбольную карьеру в клубе Американской Футбольной Лиги «Филадельфия Филд Клаб» в 1928 году. В восьми играх, проведённых за «Филадельфию», он забил 6 мячей. Несмотря на высокую результативность в матчах за «Филадельфию», Пэтноуд сыграл одну игру за «Джей-энд-Пи Коутс», а затем перешёл в «Фолл-Ривер Марксмен». Он играл за «Фолл-Ривер» до лета 1930 года, выиграл с ними Американский Кубок, а после перебрался в «Ньюарк Американз». В начале сезона 1930—1931 он забил 7 голов в пяти играх, но к концу сезона всё же вернулся в «Фолл Ривер Марксмен». В 1931 году «Фолл-Ривер» вместе с «Нью-Йорк Соккер Клаб» сформировали новую команду «Нью-Йорк Янкиз». В одном из матчей на Кубок (где новая команда Берта всё ещё числилась под старым названием «Фолл-Ривер») против чикагского клуба «Бриклейерз энд Мейсонз», выигранном «Янкиз» со счётом 6:2, Пэтноуд забил 5 мячей. Он играл за «Нью-Йорк Янкиз» до весны 1931 года, а осенью перешёл в «Нью-Йорк Джайантс».
В 1933 году Пэтноуд подписал контракт с «Филадельфия Джерман Американз» из Второй Американской Футбольной Лиги. Через год Берт оказался в «Сент-Луис Сентрал Бруэриз», а ещё через год команда сменила название на «Сент-Луис Шемрокс». В 1936 году Пэтноуд играл за «Филадельфия Пассон».
В 1930 году Пэтноуд вошёл в состав команды, отправившейся на первый чемпионат мира в Уругвай. В первом же матче против сборной Бельгии Берту удалось отличиться, а в следующей встрече с Парагваем, которую США выиграли как и первую игру 3:0, он сделал хет-трик. Первоначально второй гол не был записан на Пэтноуда. Считалось, что автором гола стал партнёр Пэтноуда по команде Том Флори, некоторые источники записывали этот мяч как автогол парагвайского защитника Аурелио Гонсалеса. В ноябре 2006 ФИФА официально признала этот гол как забитый Бертом Пэтноудом, что означало, что он стал автором первого хет-трика в истории чемпионатов мира. На тот момент Пэтноуду было всего 20 лет.
Проиграв в полуфинале турнира аргентинцам, сборная США закончила своё выступление на чемпионате. После турнира американцы отправились в тур по Южной Америке, который завершился поражением от сборной Бразилии со счётом 3:4. В этом матче Пэтноуд забил свой шестой и последний гол за сборную.
На протяжении 80 лет с 1930 года результат Пэтноуда (4 забитых мяча на чемпионате мира) был и остаётся лучшим среди американских игроков, выступавших на одном чемпионате мира. По общему числу мячей, забитых на мировых первенствах, Пэтноуда в июне 2010 года смог превзойти Лэндон Донован, забивший свой пятый мяч на чемпионате мира в ЮАР.
Пэтноуд включён в Зал Американской Футбольной Славы в 1971 году. Он умер в Фолл-Ривере в свой 65-й день рождения.