В 1993 был избран в парламент и стал министром образования (14 апреля 1994 имела место попытка похищения Мосисили и трёх других министров солдатами), в начале 1995 также вице-премьером. 20 июля 1995 стал вместо министра образования министром внутренних дел и местного самоуправления. В 1997 была основана партия КЛД под руководством премьер-министра страны Нтсу Мохлехле, 21 февраля 1998 Мосисили был избран новым лидером партии и стал также и премьер-министром.