Родился в 1898 году в деревне Банарипара в округе Джессор в Восточной Бенгалии (ныне Бангладеш), в семье землевладельцев. Его отца звали Шриют Саратчандра Гухатхакурта, а мать — Шриюта Бхуванамохини Деви. В молодости примкнул к Гаудия-матху и в 1919 году получил духовное посвящение от его основателя Бхактисиддханты Сарасвати. Посвящение в санньясу Бхактипрагьяна Кешава получил в 1940 году от одного из своих духовных братьев. В 1941 году, вместе с другими учениками Бхактисиддханты из Чайтанья Сарасвата Матха в Навадвипе, Бхактипрагьяна Кешава основал в Калькутте гаудия-вайшнавскую организацию Гаудия Веданта Самити.
Бхактипрагьяна Кешава, вместе с Б. Р. Шридхарой Госвами и Бхактиведантой Нараяной Госвами поддерживали отношения с Бхактиведантой Свами Прабхупадой до того, как тот принял санньясу и в 1965 году отправился проповедовать гаудия-вайшнавизм на Западе. В 1959 году в Матхуре Бхактиведанта Свами получил от Бхактипрагьяны Кешавы Госвами посвящение в санньясу.
Следуя примеру своего гуру, Бхактипрагьяна Кешава Госвами систематически критиковал философию майявады в своих книгах и проповедях.