Родился 17 марта 1967 года в городе Элк Гроув, штат Иллинойс. Отец, Билл Корган-старший был блюзовым гитаристом, и так маленький Билли впервые познакомился с музыкой. К 14-летнему возрасту он уже сам начал играть на гитаре, называя потом хард-роковые группы Cheap Trick и Van Halen как оказавшие на него наибольшее влияние.
В 1985 году Корган собрал свою первую группу, которая называлась The Marked и играла музыку в стиле готический металл. Дав несколько концертов в районе Чикаго, группа вскоре перебралась в Сент-Питерсберг, штат Флорида, чтобы продолжить свою карьеру. Однако переезд не принес особой удачи, группа распалась, а Корган вернулся в родительский дом.
Работая в магазине музыкальных записей, Корган начал по частям собирать свою новую группу, которой предстояло стать знаменитыми Smashing Pumpkins. Корган подружился с гитаристом Джеймсом Иха и бас-гитаристкой D’Arcy, и трио стало давать выступления в барах и клубах вокруг Чикаго. Вместо барабанщика группа прибегала к помощи драм-машины, однако по совету друга Корган обратился к местному ударнику Джимми Чемберлину, игравшему в стиле джаз-фьюжн, который немедленно получил место в Smashing Pumpkins. Одно из первых выступлений новообразованный квартет провел на разогреве у Jane's Addiction. Как и The Marked, новая группа Коргана смешивала мрачный альтернативный звук с «металлическим», однако также придавала своей музыке психоделический и экспериментальный характер.
Несколько синглов, выпущенных на независимых лейблах, помогли Smashing Pumpkins привлечь внимание звукозаписывающей фирмы «Кэролайн рекордс», которая заключила с группой контракт и в 1991 году выпустила ее дебютный альбом, называвшийся Gish. С каждым последующим альбомом — Siamese Dream (1993), двойной Mellon Collie (1995) группа наращивала популярность. Песни Smashing Pumpkins также появились в известных фильмах «Одиночки», «Шоссе в никуда», «Бэтмэн и Робин», а Билли Корган написал музыку к картинам «Стигматы» и «Выкуп» (1996). Кроме того, Корган выступил в роли продюсера при записи альбомов других исполнителей, таких как Рик Оказек и группа Hole.
После распада Smashing Pumkins в 2000 году многие ждали от Коргана начала сольной карьеры, однако музыкант вскоре объявил о своем новом проекте, группе Zwan. В состав нового коллектива вошел барабанщик Джимми Чемберлин, а также гитарист Мэтт Суини (из группы Chavez) и басист Дэвид Пахо (группы Papa M и Slint). Вскоре Пахо переключился на гитару, его прежнее место заняла басистка Паз Ленчантин из A Perfect Circle, и квинтет выпустил свой дебютный альбом Mary Star of the Sea в январе 2003 года. Однако уже к осени группа распалась из-за внутренних конфликтов. Тогда Корган объявил о начале сольной карьеры.
Вышедший в 2005 году сольный альбом Билли Коргана под названием The Future Embrace получил смешанные отзывы в прессе и разошёлся относительно небольшим тиражом. В том же году Корган выкупил целые полосы в двух ведущих газетах Чикаго, чтобы объявить о своем намерении возродить Smashing Pumpkins. Через несколько дней Чемберлин откликнулся на предложение, и в апреле 2006 года группа была официально возрождена, приняв в состав новых участников. После продолжительной работы в студии и гастролей группы, в 2007 году был выпущен альбом Zeitgeist, моментально взлетевший на вторую строчку в национальном хит-параде.
Летом 2008 года, компания Фендер выпустила подписную модель гитары Billy Corgan Stratocaster®