С 1996 по 1998 год — президент Республики Сербской Боснии и Герцеговины.
В начале 2000-х годов была приговорена Международным трибуналом по бывшей Югославии к 11 годам лишения свободы. Освобождена в 2009 году.
После победы националистов в 1990 году стала членом сербского коллективного президентства. Была близкой соратницей лидера боснийских сербов Радована Караджича.
Во время войны 1992—1995 годов принимала активное участие в событиях.
Получила титул «железной леди» за смелое противостояние Слободану Милошевичу в 1994 году.
В 1996 году сменила Радована Караджича на посту президента Республики Сербской — автономного государственного образования в конфедерации Босния и Герцеговина.
На выборах 1998 года потерпела поражение. Президентом стал ультра-националист Никола Поплашен.
11 января 2001 года Биляна Плавшич добровольно сдалась Международному трибуналу по бывшей Югославии в Гааге. Она предстала перед трибуналом по обвинениям в военных преступлениях, геноциде и преступлениях против человечности во время войны в Боснии и Герцеговине в первой половине 1990-х годов.
В конце 2002 года Плавшич признала свою вину в преступлениях против человечности во время войны в Боснии и Герцеговине с 1992 по 1995 годы.
27 февраля 2003 года была приговорена трибуналом к 11 годам лишения свободы.
После вынесения приговора Плавшич получила возможность выбрать себе тюрьму из списка — она остановилась на шведской женской тюрьме Хинсеберг (швед. ) в окрестностях города Эребру.
В интервью средствам массовой информации Плавшич не раз жаловалась на условия своего содержания. Она также заявляла, что не считает себя виновной и пошла на сотрудничество с международным трибуналом только по совету адвоката — в расчёте на смягчение сроков приговора. В тюрьме Плавшич написала книгу, где описала события, которые привели к боснийской войне. В ней она призвала другого лидера боснийских сербов Радована Караджича и полевого командира Ратко Младича сдаться Гаагскому трибуналу.
Была освобождена досрочно 27 октября 2009 года.
После выхода на свободу Биляна Плавшич, скорее всего, будет жить в Сербии. Помимо боснийского, у неё есть также и сербское гражданство, и она владеет квартирой в Белграде.
Разведена, детей не имеет.