Меррем был сыном торговца, который посвятил себя сначала изучению языков (арабский язык, латынь, греческий язык). После своего поступления в университет Гёттингена в 1778 году, он стал учеником Иоганна Фридриха Блуменбаха и начал интересоваться зоологией вообще и орнитологией в особенности. В этой области он особенно отличился.