В 1482 году взошел на престол с помощью Абенсарагов после свержения своего отца Абу-ль-Хасана Али, прозванного Мулей Хасан (1464—1482).
Причиной изменения на престоле был конфликт в недрах династии Насиридов. Абу-ль-Хасан Али хотел передать власть сыновьям, родившимся от христианской наложницы Исабель де Солис, захваченной в плен, дочери испанского полководца Санчо Хименеса, в исламе принявшей имя Сорайя. Она не могла примириться с его главной женой Айшей аль-Хорр, бывшей матерью Боабдиля. Боязнь, что Мулей Хасан назначит наследниками трона детей Сорайи, подтолкнула Айшу вступить в заговор с аристократическим кланом Абенсерагов, чтобы свергнуть с престола Абу-ль-Хасана Али и посадить на трон Боабдиля. Хитростью высвободив сына из заточения, Айша организовала побег Боабдиля в Гуадикс, где он встал во главе войска Абенсеррахов. Некоторое время спустя, 5 июля 1482 года Боабдиль торжественно вступил на Гранадский престол.
В 1483 Мухаммед XII был взят в плен после поражения от испанцев в Лусене. Обрел свободу после смерти своего отца в 1485. Ему пришлось пойти на уступки в Кастилии. Боабдилю удалось объединить страну, но его власть становилась всё слабее. Страна погружалась в хаос. Испанцы выигрывали всё новые сражения, а гражданская война продолжалась, поскольку Мухаммед XIII пытался вернуть себе власть. В 1487 испанцы завоевали Малагу. Боабдиль попросил помощи у турецкого султана, но помощь последнего была ограниченна нападениями пиратов на побережье. В 1489 пала Альмерия.
В 1491 году началась осада Гранады. 2 января 1492 Мухаммед XII капитулировал, сдав город католическим королям — Изабелле Кастильской и Фердинанду Арагонскому.
После падения Гранадского эмирата Боабдиль жил до 1494 года в предоставленных ему испанцами поместьях в Альпухаррасе. Затем он переехал в Фес, где жил под присмотром султана Абу аль-Аббас Ахмад ибн Мухаммада. Безуспешно пытался получить возмещение Гранаде.