Родился в Нью-Йорке, рос в Глендейле, Калифорния, где изучал литературу. Переехал в Лос-Анджелес в 1976. В 1978, Боб издал свою первую книгу, The Kid Is A Man. Флэнаган родился с муковисцидозом, поэтому он использовал БДСМ, чтобы преобразовывать свою боль в удовольствие, а его в свою очередь в искусство. Его старшая сестра, Патрисия, умерла от муковисцидоза в 1979 в возрасте 21 года.
О Флэнагане снят документальный фильм SICK: The Life & Death of Bob Flanagan, Supermasochist (1997), снятый Кирби Диком, знаменитым режиссером-документалистом.
Пожалуй, самая знаменитая работа Флэнагана — клип Nine Inch Nails «Happiness in Slavery», который был запрещен к показу, из-за сцены, где Флэнаган дал разорвать себя на части, как раб машины.
В 1993 Флэнаган появился в клипе Danzig «It’s Coming Down». В полной версии видео он вбивает гвоздь в головку своего члена перед тем, как помочиться. Он также сыграл небольшую роль в клипе Godflesh «Crush my Soul» (режиссёр Андрес Серрано), где жена Шери Роз подвешивает его к потолку.
4 января 1996 в возрасте 43 лет он умер от муковисцидоза.