Отец Бодуэна, Арнульф I (885/889—27 марта 965), сделал его своим соправителем во Фландрии в 958 году. Так продолжалось до 958 года, когда Арнульф I отказался в пользу своего сына от власти. Во время своего недолгого правления Бодуэн основал первые ткацкие мастерские в Генте, заложив тем самым основу для дальнейшего экономического значения графства Фландрия. Он также укрепил свою крепость в Берге.
В 962 году Бодуэн неожиданно скончался от оспы после его возвращения из похода против норманнов, в котором он принял участие в качестве вассала короля Франции Лотаря, после чего Арнульф опять вернулся к власти. После смерти Арнульфа I в 965 году ему наследовал малолетний сын Бодуэна, Арнульф II (961/962 — 988).
Жена: с 951/959 Матильда Саксонская (ок.942 — 25 мая 1008), дочь Германа Биллунга, герцога Саксонии:
Также Бодуэн III мог иметь одного внебрачного сына: