Когда отец Бодуэна умер в 988 году, он был еще несовершеннолетним, и независимости графства Фландрии, угрожал захват королевством Франция. Однако второй брак матери Бодуэна Сусанны Итальянской с Робертом II Благочестивым, королем Франции, сыном и преемником Гуго Капета, мог предотвратить эту опасность.
Около 1000 года, император Оттон III собрал войско для военной кампании против Фландрии. Король Германии Генрих II Святой также направился против Бодуэна IV, который принял сторону графов Лувена и Намюра, отказавшихся от сюзеренитета, утвержденного Генрихом II, герцога Нижней Лотарингии Годфрида I в 1006/1007.
В отличие от своих предшественников, Бодуэн обратил свое внимание на восток и на север своих владений, тогда как на юге управляли его вассалы графы Булони, Гина, Хесдина и Сен-Поля.
В 1006 году, Бодуэн IV захватил город Валансьен, принадлежавший Священной Римской империи. Следовательно, он столкнулся с императором Священной Римской империи Генрихом II и его союзниками королем Робертом Благочестивым и Ричардом II, герцогом Нормандии, которым, однако, не удалось победить Бодуэна.
Весной следующего года император Священной Римской империи Генрих II вновь вторгся во Фландрию и захватил в Генте крупную добычу, также взяв в плен жителей города. Бодуэн был вынужден сдать Валансьен и лишиться Аахена, так как император Гернрих обвинил его во вмешательстве в дела графов Намюра и Левена.
Однако около 1012—1015 Бодуэн получил посредством переговоров в лен Зеландию, находящуюся к северу от Фландрии, и даже некоторые острова этой области: Валхерен, Борссель, Норд-Бевеланд и Зейд-Бевеланд, а на правом берегу реки Шельды — Валансьен, часть Камбре и Эно от Генриха II, который взял обещание с Бодуэна не вмешиваться в дела герцогов Нижней Лотарингии и графов Намюра и Левена. Во французской территории Фландрии Бодуэн организовал большие колонизации болот вдоль побережья Фландрии и увеличил Брюгге и городской порт.
В 1028 году состоялся брак сына Бодуэна IV Бодуэна, ставшего впоследствии графом Фландрии, с Аделой Французской, дочерью Роберта II, короля Франции. После этого сын Бодуэна IV поднял восстание против отца, спровоцированное королем Робертом, встав во главе недовольных баронов. Бодуэн IV даже был изгнан из графства и был вынужден искать убежище в Нормандии. С мощной поддержкой своего покровителя Роберта, герцога Нормандии, он быстро восстановил себя на престоле графов Фландрии и ему удалось окончательно подавить восстание.
Во времена правления Бодуэна были основаны Дюнкерк и крепостные стены города Лилль. Бодуэн столкнулся с опасностью феодальной раздробленности, которая обрушилась на территории империи Каролингов еще в предыдущем столетии. Однако он имел хорошо развитые регионы страны: Гент, Брюгге, Лилль и Сент-Омер. Можно отметить появление нескольких дворянских семей (Обиньи, Бетюн, Фоконберг, Худен, Ланс, Лилль, Пас, Фалемпин, Ворвин). До 993—994 годов, Бодуэн создал совет регионов. Первоначально на собрании пристуствовали представители четырех административных округов. Именно Бодуэн IV положил начало дальнейшего могущества графства Фландрия.
Бодуэн скончался 30 мая 1035 года. Его владения унаследовал сын Бодуэн V.
1-я жена (с ок. 1112): Огива Люксембурская (ум. 21 февраля или 9 марта 1030), дочь Фридриха Люксембургского, графа Мозельгау, сына Зигфрида, графа Люксембурга. Дети:
2-я жена (с после 1030): Элеонора Нормандская, дочь Ричарда II, герцога Нормандии. Дети: