Бодуэн V в 1171 году унаследовал от своего отца Бодуэна IV графство Эно. В начале своего правления сблизился со своим шурином, графом Фландрии Филиппом I Эльзасским и заключил с ним в 1177 году договор о союзе.
В 1180 году Бодуэн выдал свою дочь Изабеллу за короля Франции Филиппа II Августа, получившего в качестве приданного Артуа.
В 1189 году Бодуэн получил от императора графство Намюр, возведенное в маркграфство, а в 1191 году после смерти Филиппа Эльзасского получил Фландрию. За Намюр ему пришлось вести войну с братом жены Генрихом I Намюрским, из которой он вышел победителем в 1194 году.
Бодуэн V оставил нескольких сыновей. Фландрию и Эно унаследовал его старший сын Бодуэн (Балдуин) VI (1171—1205), Намюр получил второй сын, Филипп I (1175 — 12 октября 1212).
Женат на Маргарите I Эльзасской. От брака с ней он имел следующих детей: