В 1045 году император Генриха III временно передал Бодуэну маркграфство Антверпен. Раннее, отец Бодуэна Бодэун V потерял его во время войны с Генрихом. В 1051 году Бодуэн женился по настоянию отца на Рихильде, графине Эно, вдове графа Германа. Несмотря на протест императора, Бодуэн завладел графством, а также входившими в него на тот момент графством Монс, маркграфством Валансьен и южной частью ландграфства Брабант. Из-за близкого родства супруги были отлучены от церкви епископом Камбре Энгельбертом, но затем папа Лев IX дал согласие на брак. Двое детей Рихильды от Германа были лишены наследства отца; его сын Роже в 1066 году стал епископом Шалон-сюр-Марн, а дочь ушла в монастырь.
После смерти отца в 1067 году Бодуэн VI объединил Фландрию и Эно, где правил три года до своей смерти в 1070 году. Как граф Эно, Бодуэн признал между 1066 и 1070 гильдию в Валансьене. Он восстановил аббатство Анон, где впоследствии и был похоронен. Начало его правление было отмечено основанием аббатства Граммон (Герардсберген), которое получило льготы в 1068 году.
Зная, что он болен, Бодуэн созвал совет в Ауденарде, на котором принял решение поставить двух малолетних сыновей — Арнульфа и Бодуэна под опеку матери, причем в случае смерти одного из его сыновей, другой должен был ему наследовать. Перед смертью ему удалось передать свои своему старшему сыну Арнульфу III. Также он попросил своего брата Роберта Фризского защищать своих детей. Он умер вскоре после этого, 17 июля 1070 года.
Правление Бодуэна VI ознаменовало себя периодом внутреннего и внешнего мира. Несмотря ни на все меры предосторожности, ранняя смерть Бодуэна родила династические споры. Уже 22 февраля 1071 года Арнульф был убит в борьбе со своим дядей Робертом Фризским в битве при Касселе вместе с графом Херефорда Вильямом Фиц-Осберном, а Роберт узурпировал власть во Фландрии. Младший сын, Бодуэн II стал графом Эно после гибели Арнульфа.
Жена (с 1051): Рихильда де Эно (умерла 15 марта 1087, Месин, похоронена в аббатстве Анон), вдова графа Эно Германа. Дети от этого брака: