Богдан Глинский был сыном Федора Семёновича Глинского. Глинские считали себя потомками темника Мамая. Богдан был женат на княжне Марии Ивановне Заславской, от которой у него родился сын Владимир.
В 1488 году князь Богдан был назначен великим князем литовским Казимиром наместником в Черкассах, где сформировал вооруженные отряды, которые впервые упоминаются в турецких, польских и литовских документах, как «казаки». Во главе этих казаческих отрядов Богдан Федорович совершил в 1492 году военный поход на Тягиню и захватил крымско-татарский корабль. В 1493 году военный поход в устьях Днепра продолжался. Была захвачена и разрушена крымская крепость Очаков, накануне построенная крымским ханом Менгли I Герай. В Очакове казаки захватили деньги на сумму 30 тысяч алтын и часть местных жителей увели в неволю. В это же время казаки Богдана Федоровича ограбили московского посла Суботу, который ехал из Валахии в Крым.
В ответ на это Менгли I Герай отправил жалобу на действия казаков великому князю литовскому Александру, в которой войска Богдана Фёдоровича назывались «козаками черкаскими». Данный конфликт послужил поводом для начала в 1493 году военного вторжения крымских и турецких войск на территорию Великого княжества Литовского.
В 1495 году Богдан был переведён на должность наместника путивльского, на которой он находился два года. 4 августа 1500 года при взятии Путивля московскими войсками Богдан попал, где он и умер в 1509 или 1512 году.