Богдан Лобонц начал карьеру в своём родном городе Хунеадора, выступая за «Корвинул». В 1997 году Лобонц перешёл в «Рапид» из Бухареста, в котором отлично выступал. Перешёл в 2000 году в «Аякс». Но неопытность, а позднее и травма не позволили Богдану стать игроком основного состава, и на один сезон он был отдан в аренду бухарестскому «Динамо». Вернувшись в «Аякс», Лобонц периодически защищал ворота клуба, хорошо зарекомендовал себя в матчах чемпионата Нидерландов и Лиге чемпионов.
В январе 2006 Лобонц был продан клубу итальянской серии А «Фиорентине», который искал замену вратарю Себастьяну Фрэ, получившему травму. Хотя Лобонц отлично играл за «Фиорентину», по возвращении Фрэ Богдан стал запасным игроком.
Потеряв место в национальной сборной Румынии, Лобонц решил покинуть клуб и в 2006 году вернулся на родину играть за «Динамо» Бухарест, в котором до того выступал в аренде. Во многом благодаря Лобонцу «Динамо» выиграло чемпионат Румынии и прошло квалификацию Лиги чемпионов.
Лобонц является постоянным игроком сборной Румынии, отыграв более 70 игр, его дебют состоялся в 1998 году. На чемпионате Европы 2008 Лобонц был основным вратарём сборной.