Родился в семье поэта Толена Шамшиева. С 1959 по 1964 год учился во ВГИКе в мастерской профессора Александра Згуриди. Будучи студентом, с успехом дебютировал в кино в качестве актёра, сыграв главную роль Кемеля в фильме Ларисы Шепитько «Зной». В 1965 году его дипломная работа — научно-популярный фильм «Манасчи» была удостоена Гран-при на Международном кинофестивале в немецком городе Оберхаузене (en:International Short Film Festival Oberhausen).
В 1990-е годы Болот Шамшиев, создал киностудию «Салам-Алик». В 1995 году он был главным режиссёром грандиозного театрализованного представления когда отмечался тысячелетний юбилей эпоса «Манас». После праздника режиссер смонтировал отснятый материал, в результате получился кинодокумент, в котором предельно ёмко передано содержание объёмного эпоса.
Пятнадцать лет я не снимал фильмы, потому что президент Акаев не хотел, чтобы я работал. Акаев не давал денег не только на кинематограф, но и вообще на культуру, его она не интересовала.