О жизни Деперье известно очень мало. В молодости он работал школьным учителем, а в 1536—1541 гг. служил секретарём и камергером Маргариты Наваррской. Много путешествовал, чаще всего — в Лион, который в XVI веке являлся важнейшим культурным центром Франции. Считается, что в 1543 году Деперье в припадке ярости покончил с собой.
Деперье хорошо разбирался в гуманистических и в евангелических идеях, которые нашли отражение в его творчестве. К ранним сочинениям Деперье относится выполненный им перевод диалога Платона «Лисид». Кроме того, он написал несколько трудов филологического характера и ряд стихотворений на случай.
Работал вместе с Оливетаном над переводом Библии. Вместе с Э. Доле участвовал в составлении «Комментариев к латинскому языку».
В 1538 г. он издал в Париже свою книгу «Кимвал мира» (Cimbalum mundi), выдав её за перевод с латыни. «Кимвал мира» представлял собой четыре сатирических стихотворных диалога, обличавших пустые речи, фанатизм и нетерпимость как католических, так и протестантских теологов. Написанная в подражание древнегреческому Лукиану, книга полна намёков и иносказаний, не разгаданных до сих пор. Книга была приговорена к сожжению как еретическая.
Посмертно вышли его «Новые забавы и весёлые разговоры», где анекдоты, юмор, веселье, широкая панорама Франции воплотили жизнерадостное свободомыслие Деперье, нашедшее продолжение в скептицизме Монтеня.