Бонифаций происходил из старинного готского рода. Отец его - Зигибольд, был в 437 году консулом Рима.
На первом соборе, желая устранить влияние готских королей на процессы развития католической церкви, Бонифаций II избрал своего приемника из византийской партии. Им стал диакон Вигилий. Королева Амалазунта и римский Сенат настояли на отмене этого решения. На следующем соборе папа отменил свой декрет.