С осени 2000 года выступает как политический оппонент Путина, в президентской кампании которого в конце 1999 года — начале 2000 года принимал участие на его стороне — в поддержку блока «Единство».
Впервые уголовное дело на Березовского было заведено в 1999 году. С 20 сентября 2001 года он находится в розыске в РФ по обвинению в мошенничестве, отмывании денег, попытке насильственного захвата власти. Ордер на его арест был выдан Интерполу Бразилией по обвинениям в мошенничестве и отмывании денег через футбольный клуб. Помимо этого с 1999 года против него ведётся следствие прокуратурой Швейцарии по обвинениям в мошенничестве и отмывании денег. В том же году Березовскому было отказано во въезде в Швейцарию.
С сентября 2003 года постоянно проживает в Великобритании в качестве политического беженца; имеет британский паспорт на имя Плато?н Еле?нин. Служба новостей Би-би-си указала, что Платон — имя героя фильма «Олигарх». Является гражданином России. В 1996 году отказался от гражданства Израиля.
В 2008 году журнал «Forbes» оценивал его состояние в 1,3 млрд долларов.
Б. А. Березовский родился 23 января 1946 года в Москве.
Отец — Абрам Маркович Березовский, инженер-строитель из Томска, работал на заводах по производству стройматериалов. Мать — Анна Александровна Гельман, работала лаборантом в Институте педиатрии Академии медицинских наук СССР. Родители Березовского поженились 17 августа 1943 года.
Первая жена Нина Васильевна Короткова училась с Борисом в одном институте, Нина двумя курсами младше, поженились они в начале 1970-х годов, у них родились две дочери: Елизавета в 1971 году, (художница) и Екатерина в 1973 году, она родила сына Савву, внука Бориса Березовского.
Вторая жена Галина Бешарова с 1991 года. В 1989 году у Галины и Бориса родился сын Артём, а в 1992 году дочь Анастасия. Но в 1993 году Галина уехала с детьми в Лондон и с тех пор они совместно не проживали.
Новой спутницей Бориса Березовского стала Елена Горбунова, которая родила ему ещё двоих детей: дочь Арину в 1996-м и сына Глеба в 1997-м. В 2011 году, после длившегося год бракоразводного процесса, Березовский развелся со второй женой Галиной, поставив рекорд по размеру выплаченных отступных в Великобритании — от 165 до 220 млн фунтов стерлингов.
Березовский — член ВЛКСМ (1960—1974) и бывший член КПСС.
В 1967 году закончил факультет электроники и счётно-решающей техники Московского лесотехнического института, в 1973 — механико-математический факультет МГУ (второе образование), позднее — аспирантуру в Институте проблем управления АН СССР, где защитил кандидатскую диссертацию по теме «Многокритериальная оптимизация».
В 1968—1987 годах работал инженером в НИИ испытательных машин, приборов и средств измерения масс Министерства приборостроения СССР (1968—1969) и Гидрометеорологическом научно-исследовательском центре СССР (1969—1970), инженером, затем младшим и старшим научным сотрудником, заведующим лабораторией в Институте проблем управления АН СССР (1970—1987). В 1978 году стал лауреатом Премии Ленинского комсомола.
В 1983 году защитил докторскую диссертацию «Разработка теоретических основ алгоритмизации принятия предпроектных решений и их применения» по специальности «Техническая кибернетика и теория информации». Развитая в диссертации теория может рассматриваться как далеко идущее обобщение популярной математической задачи о «разборчивой невесте».
С 1991 года — член-корреспондент Российской академии наук, член Международного научного общества по теории принятия решений, основатель Международного научного фонда. Награждён Международным орденом Святого Константина Великого.
Автор более 100 научных работ и ряда монографий («Бинарные отношения в многокритериальной оптимизации» (М., 1981), «Задача наилучшего выбора» (М., 1984), «Многокритериальная оптимизация: математические аспекты» (М., 1989) и других).
30 мая 2008 года академик РАН физик В. Н. Страхов предложил исключить Березовского из РАН, ссылаясь на возбуждение против него более десяти уголовных дел:
Страхов предложил внести в устав академии поправки о возможности лишения статуса академика (на данный момент являющегося пожизненным). В тот же день данное предложение было отклонено. Президент РАН Юрий Осипов, аргументируя это решение, вспомнил попытки исключить из академии наук академиков Трофима Лысенко и Андрея Сахарова. По словам Осипова, РАН никого никогда не исключала, а изгнание Березовского из академии может создать «глупый прецедент».
7 июня 1994 года возле дома № 40 по Новокузнецкой улице в центре Москвы, где располагался дом приемов «Логоваза», была взорвана бомба. Взрыв раздался в момент, когда «Мерседес» представительского класса с находившимся внутри Березовским выезжал из ворот дома приемов. В результате погиб водитель автомобиля, ранены охранник и 8 случайных прохожих. По версии следствия, организатором преступления выступил известный московский криминальный авторитет, лидер Ореховской преступной группировки Сергей Тимофеев по кличке «Сильвестр», который в сентябре того же года был взорван в своем автомобиле на 3-й Тверской-Ямской улице. Убийство Тимофеева осталось нераскрытым.
Николай Александрович Зенькович (2006) утверждал, что ОБХСС задержала Березовского на 10 суток весной 1981 года в Махачкале за спекуляцию постельным бельём.
Согласно Валерию Лебедеву, 19 октября 1996 года газета «Новый Взгляд» упомянула заявление начальника Службы Безопасности Президента Российской Федерации Александра Коржакова, что Борис Березовский уговаривал его убить Владимира Гусинского, Юрия Лужкова, Иосифа Кобзона и Сергея Лисовского.
Согласно Юрию Фельштинскому и Владимиру Прибыловскому, высшие офицеры ФСБ Александр Коржаков и Александр Комельков организовали убийство Листьева руками Солнцевской братвы. Авторы подразумевают, что мотивом убийства было сокрытие доходов от телерекламы и направления этих средств на кампанию выбора в президенты России Олега Сосковца. Авторы пишут, что Коржаков организовал покушение на Березовского и, после неудачной попытки, обвинил Березовского в убийстве Листьева.
6 апреля 1999 года Генпрокуратура РФ объявила Бориса Березовского в розыск и выдала санкцию на его арест в качестве обвиняемого по делу авиакомпании «Аэрофлот» — обвинение включало «незаконное предпринимательство» и «отмывание незаконно нажитых средств». Таким образом первые государственные обвинения против Березовского в преступной деятельности были выдвинуты правительством Евгения Примакова, когда Владимир Путин ещё не играл ключевую роль на политической арене России. 5 ноября 1999 года обвинения были сняты.
В 2000 году Павел Хлебников опубликовал книгу «Крестный Отец Кремля или история разграбления России», где публично обвинил Березовского в мошенничестве, отмывании денег, организации убийств, связях с чеченской мафией, а также боевиками и торговлей заложниками во время Второй Чеченской Войны. Березовский не стал оспаривать утверждения книги в суде.
Павел Хлебников убит в 2004 году в Москве неизвестными.
1 ноября 2000 года было объявлено о намерении прокуратуры предъявить Березовскому обвинение в хищении государственных средств в рамках дела «Аэрофлота». Березовский, находившийся в тот момент за границей, принял решение не возвращаться в Россию.
В 2001 году генерал-полковник, Герой России Геннадий Трошев в своих мемуарах «Моя война. Чеченский дневник окопного генерала» сослался на Ахмата Кадырова, утверждавшего, что накануне вторжения боевиков в Дагестан Березовский перечислил Шамилю Басаеву около миллиона долларов для «укрепления дружбы между народами». Геннадий Трошев выразил явное сомнение в мотивах Березовского, когда тот освобождал из плена российских солдат; обычно, что очень подозрительно по его мнению, уже через 2-3 дня, а то и сутки после захвата. Генерал-полковник даже предположил, что имел место сговор между похитителями и олигархом:
Катрин О’Брайен из газеты The Times в рецензии на книгу бывших заложников Камиллы Карр и Джона Джеймса «The Sky is Always There: Surviving a Kidnapping in Chechnya» писала, что захватчики этих заложников назначили выкуп в 1 миллион фунтов стерлингов, и что в сентябре 1998-го года они были освобождены и вывезены на личном самолёте Березовского. Согласно Вячеславу Измайлову, Березовский участвовал в освобождении пленных в Чечне. Измайлов также упоминает Ваху Арсанова, заявившего, что Березовский передал Басаеву 2 миллиона долларов на, цитируя Арсанова, «восстановление цементного завода в Чири-Юрте».
20 сентября 2001 года Березовского объявили в федеральный розыск и предъявили заочное обвинение по одному из дел, выделенных из дела «Аэрофлота», по трём пунктам: «пособничество в мошенничестве», «невозвращение из-за границы валютной выручки» и «отмывание денег».
В октябре 2003 года британский журнал «EuroBusiness» опубликовал статью «Эпоха баронов-разбойников», в которой Борис Березовский был обвинён в причастности к убийству лидера партии «Либеральная Россия» Сергея Юшенкова и получении незаконных доходов через компанию «ЛогоВАЗ». Березовский подал иск в Высокий суд Англии, где «EuroBusiness» не смог доказать обоснованность своих обвинений. 30 октября 2003 года Березовскому были принесены извинения и выплачена компенсация в размере 10 тыс. фунтов стерлингов.
28 октября 2004 года в ток-шоу «К барьеру!» на телеканале НТВ руководитель «Альфа-групп» Михаил Фридман заявил, что Борис Березовский угрожал ему в 1999 году. 31 марта 2005 года Березовский подал в Высокий суд Англии иск к Михаилу Фридману с требов