По легенде, Годуновы происходили от татарского князя Чета, приехавшего на Русь во времена Ивана Калиты. Эта легенда занесена в летописи начала XVII века. По государеву родословцу 1555 года Годуновы ведут своё происхождение от Дмитрия Зёрна. Предки Годунова были боярами при московском дворе. Борис Годунов родился в 1552 году. Его отец, Фёдор Иванович Годунов по прозвищу Кривой, был помещиком средней руки.
После смерти отца (1569) Бориса взял в свою семью его дядя, Дмитрий Годунов. В годы опричнины Вязьма, в которой находились владения Дмитрия Годунова, перешла к опричным владениям. Незнатный Дмитрий Годунов был зачислен в опричный корпус и вскоре получил при дворе высокий чин главы Постельного приказа.
Выдвижение Бориса Годунова начинается в 1570-х годах. В 1570-м он стал опричником, а в 1571-м был дружкой на свадьбе царя с Марфой Собакиной. В том же году Борис сам женился на Марии Григорьевне Скуратовой-Бельской, дочери Малюты Скуратова. В 1578 году Борис Годунов становится кравчим. Еще через два года после женитьбы своего второго сына Фёдора на сестре Годунова Ирине, Иван Грозный пожаловал Бориса званием боярина. Годуновы медленно, но верно поднимались по иерархической лестнице: в конце 1570-х — начале 1580-х гг. они выиграли сразу несколько местнических дел, обретая довольно прочное положение среди московской знати.
Годунов был умён и осторожен, стараясь до поры до времени держаться в тени. В последний год жизни царя Борис Годунов обрёл большое влияние при дворе. Вместе с Б.Я.Бельским он стал одним из приближенных людей Ивана Грозного.
Не вполне ясна роль Годунова в истории смерти царя. 18 марта 1584 г. Грозный, по свидетельству Д. Горсея, был «удушен». Не исключено, что против царя был составлен заговор. Во всяком случае, именно Годунов и Бельский находились рядом с царём в последние минуты его жизни, они же с крыльца объявили народу о смерти государя.
На престол вступил Фёдор Иоаннович. Новый царь был не способен управлять страной и нуждался в умном советнике, поэтому был создан регентский совет из четырёх человек: Богдана Бельского, Никиты Романовича Юрьева (Романова), князей Ивана Фёдоровича Мстиславского и Ивана Петровича Шуйского.
31 мая 1584 года в день коронации царя Борис Годунов был осыпан милостями: он получил чин конюшего, звание ближнего великого боярина и наместника Казанского и Астраханского царств. Однако это отнюдь не означало того, что Годунов обладает единоличной властью — при дворе шла упорная борьба боярских группировок Годуновых, Романовых, Шуйских, Мстиславских. В 1584 году был обвинен в измене и сослан Б.Бельский; в следующем году скончался Никита Юрьев, а престарелый князь Мстиславский был насильственно пострижен в монахи. Впоследствии подвергся опале и герой обороны Пскова И.П. Шуйский. Фактически с 1585 года, 13 из 14 лет правления Фёдора Иоанновича, Россией правил Борис Годунов.
Деятельность правления Годунова была нацелена на всестороннее укрепление государственности. Благодаря его стараниям, в 1589 был избран первый русский патриарх, которым стал московский митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало о возросшем престиже России. Во внутренней политике правительства Годунова преобладали здравый смысл и расчётливость. Развернулось небывалое строительство городов, крепостных сооружений.
Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. С размахом осуществлялось церковное и городское строительство. По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле — степной окраине Руси. В 1585 году была построена крепость Воронеж, в 1586 — Ливны. Для обеспечения безопасности водного пути от Казани до Астрахани строились города на Волге — Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590). В 1592 году был восстановлен город Елец. На Донце в 1596 году был построен город Белгород, южнее в 1600 году был выстроен Царёв-Борисов. Началось заселение и освоение опустевших во время ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области). В Сибири в 1604 году был заложен город Томск.
В период с 1596 по 1602 годы было построено одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси — Смоленская крепостная стена, которую впоследствии стали называть «каменным ожерельем Земли русской». Крепость была построена по инициативе Годунова для защиты западных рубежей России от Польши.
При нём в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например, в Кремле был сооружён водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Строились и новые крепостные укрепления. В 1584-91 годах под руководством зодчего Федора Савельева по прозвищу Конь были возведены стены Белого города протяженностью 9 км (они опоясали район, заключенный внутри современного Бульварного кольца). Стены и 29 башен Белого города были сложены из известняка, обложены кирпичом и оштукатурены. В 1592 году на месте современного Садового кольца была построена еще одна линия укреплений, деревянно-земляная, прозванная за быстроту постройки «Скородомом».
Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторасоттысячным войском подошел к Москве, однако, оказавшись у стен новой мощной крепости и под прицелом многочисленных пушек, штурмовать ее не решился. В мелких стычках с русскими отряды хана постоянно терпели поражения; это вынудило его отступить, бросив обоз. По дороге на юг, в крымские степи, войско хана понесло большие потери от преследовавших его русских полков. За победу над Казы-Гиреем Борис Годунов получил наибольшее вознаграждение из всех участников этой кампании (хотя главным воеводой был не он, а князь Фёдор Мстиславский): три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почетнее боярского.
Годунов стремился облегчить положение посадских людей. По его решению торговцы и ремесленники, проживавшие в «белых» слободах (частновладельческих, плативших подати крупным феодалам), были причислены к населению «черных» слобод (плативших налог — «тягло» — государству). При этом размер «тягла», взимавшегося со слободы в целом, был оставлен прежним, а доля отдельного горожанина в нем уменьшилась.
Хозяйственный кризис 1570-х—начала 1580-х годов заставил пойти на установление крепостной зависимости. 24 ноября 1597 года был издан указ об «урочных летах», согласно которому крестьяне, бежавшие от господ «до нынешнего… году за пять лет» подлежали сыску, суду и возвращению «назад, где кто жил». На бежавших шесть лет назад и ранее указ не распространялся, их прежним владельцам не возвращали.
Во внешней политике Годунов проявил себя как талантливый дипломат. 18 мая 1595 г. в Тявзине (близ Ивангорода) был заключён мирный договор, завершивший русско-шведскую войну 1590 - 1593 годов. Годунов сумел воспользоваться сложной внутриполитической ситуацией в Швеции, и Россия, согласно договору, получила Ивангород, Ям, Копорье и Корелу. Таким образом, Россия вернула себе все земли, переданные Швеции по итогам неудачной Ливонской войны.
Наследником престола при жизни царя Фёдора был его младший брат Дмитрий, сын седьмой жены Ивана Грозного. 15 мая 1591 царевич при невыясненных обстоятельствах погиб в удельном городе Угличе. Официальное расследование проводил боярин Василий Шуйский. Стараясь угодить Годунову, он свёл причины случившегося к «небрежению» Нагих, в результате чего Дмитрий случайно заколол себя ножом, играя со сверстниками. Царевич, по слухам, был болен «падучей» болезнью (эпилепсией).
Летопись времён Романовых обвиняет в убийстве Бориса Годунова, ведь Дмитрий был прямым наследником престола и мешал Борису в продвижении к нему. Исаак Масса также пишет, что «твердо убежден в том, что Борис ускорил его смерть при содействии и по просьбе своей жены, желавшей скорее стать царицею, и многие московиты разделяли мое мнение». Тем не менее участие Годунова в заговоре на жизнь царевича не доказано.
В 1829 году историк М.П. Погодин первым рискнул выступить в защиту невиновности Бориса. Обнаруженный в архивах подлинник уголовного дела комиссии Шуйского стал решающим аргументом в споре. Он уверил многих историков XX века (С.Ф. Платонова, Р.Г. Скрынникова) в том, что истинной причиной гибели сына Ивана Грозного всё-таки был несчастный случай.
7 января 1598 года Фёдор Иоаннович умер, и мужская линия Московской ветви династии Рюриковичей пресеклась. Единственной близкой наследницей престола осталась троюродная сестра покойного, Мария Старицкая (1560—1611?).
После попыток назначить правящей царицей вдову умершего царя Ирину — сестру Бориса, 17 (27) февраля 1598 года Земский собор (учитывая в том числе и «рекомендацию» Ирины) избрал царем шурина Фёдора Бориса Годунова и принес ему присягу на верность. 1 (11) сентября 1598 года Борис венчался на царство. Близкое свойство, что было характерно для того времени, перевесило дальнее родство возможных претендентов на трон. Не менее важным представлялся тот факт, что Годунов уже давно фактически правил страной от имени Федора, и не собирался выпускать власть из своих рук после его смерти.
Царствование Бориса ознаменовалось начавшимся сближением России с Западом. Не было прежде на Руси государя, который столь благоволил бы к иностранцам, как Годунов. Он стал приглашать иноземцев на службу. В 1604 г. посылал окольничего М. И. Татищева в Грузию, чтобы просватать дочь за местного царевича.
Первый царь не из Рюриковичей (если не считать такое подставное лицо, как Симеон Бекбулатович), Годунов не мог не чувствовать шаткость своего положения. По своей подозрительности он немногим уступал Грозному. Взойдя на престол, он принялся сводить личные счёты с боярами. По словам современника, «цвел он, как финик, листвием добродетели и, если бы терн завистной злобы не помрачал цвета его добродетели, то мог бы древним царям уподобиться. От клеветников изветы на невинных в ярости суетно принимал, и поэтому навел на себя негодование чиноначальников всей Русской земли: отсюда много ненасытных зол на него восстали и доброцветущую царства его красоту внезапно низложили».
Подозрительность эта на первых порах уже проявилась в клятвенной записи, но впоследствии дело дошло до опал и доносов. Князьям Мстиславскому и В. И. Шуйскому, которые по знатности рода могли иметь притязания на престол, Борис не позволял жениться. С 1600 г. подозрительность царя заметно возрастает. Быть может, не лишено вероятности известие Маржерета, что уже в то время поползли тёмные слухи, будто Димитрий жив. Первой жертвой подозрительности Бориса был Богдан Бельский, которому царь поручил строить Царёв-Борисов. По доносу о щедрости Бельского к ратным людям и неосторожных словах: «Борис царь на Москве, а я в Борисове» Бельский был вызван в Москву, подвергся различным оскорблениям и сослан в один из отдаленных городов.
Холоп князя Шестунова сделал донос на своего господина. Донос оказался не заслуживающим внимания. Тем не менее доносчику сказали царское жалованное слово на площади и объявили, что царь за его службу и раденье жалует ему поместье и велит служить в детях боярских. В 1601 г. по ложному доносу пострадали Романовы и их родственники. Старший из братьев Романовых, Феодор Никитич, был сослан в Сийский монастырь и пострижен под именем Филарета; жену его, постригши под именем Марфы, сослали в Толвуйский Заонежский погост, а малолетнего сына их Михаила (будущего царя) на Белоозеро. Преследования со стороны Годунова вызывали в народе сочувствие к его жертвам. Так крестьяне Толвуйского погоста тайно помогали инокине Марфе и "проведывали" для нее новости о Филарете.
Царствование Бориса начиналось успешно, однако череда опал породила уныние, а вскоре разразилась и настоящая катастрофа. В 1601 шли долгие дожди, а затем грянули ранние морозы и, по словам современника, «поби мраз сильный всяк труд дел человеческих в полех». В следующем году неурожай повторился. В стране начался голод, продолжавшийся три года. Цена хлеба увеличилась в 100 раз. Борис запрещал продавать хлеб дороже определённого предела, даже прибегая к преследованиям тех, кто взвинчивал цены, но успеха не добился. Стремясь помочь голодающим, он не жалел средств, широко раздавая беднякам деньги. Но хлеб дорожал, а деньги теряли цену. Борис приказал открыть для голодающих царские амбары. Однако даже их запасов не хватало на всех голодных, тем более, что, узнав о раздаче, люди со всех концов страны потянулись в Москву, бросив те скудные запасы, которые всё же имелись у них дома. Около 127 тыс. чело