В 1975—1981 годах учился в Ленинградском высшем инженерном морском училище имени адмирала С. О. Макарова (инженер-судоводитель). В 2004 году окончил Санкт-Петербургскую академию МВД России по специальности «юриспруденция». Кандидат юридических наук.
После окончания училища работал в 1981—1982 годах четвертым помощником капитана Балтийского морского пароходства.
С 1982 по 2007 год служил в Управлении ФСБ России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области на офицерских должностях.
В 2007—2008 годах служил в Пограничной службе ФСБ России в Москве.
В 2008—2009 годах был заместителем руководителя Федерального агентства по рыболовству (курировал рыбнадзор и воспроизводство водных биоресурсов).
С марта 2009 года был руководителем Федерального агентства по государственным резервам, сменив на этом посту внезапно умершего Александра Григорьева.
Погиб 27 ноября 2009 года в результате крушения поезда «Невский Экспресс» по дороге в Санкт-Петербург (по предварительным данным вследствие террористического акта).
Бориса Евстратикова похоронили 1 декабря 2009 года на Серафимовском кладбище в Санкт-Петербурге.