После аннексии Триеста Италией (1918) присутствовал при сожжении фашистами Дома словенской культуры в 1920 году, в городе было запрещено преподавание словенского языка. Пахор учился в Каподистрии (Копер) и Гориции. В 1943 году вступил в освободительную армию Югославии, в 1944 году арестован югославскими коллаборационистами, четырнадцать месяцев провел в нацистских лагерях Дахау и Берген-Бельзен. После войны учился в Падуе, затем преподавал в Триесте.
Наиболее известен романом о концлагере «Некрополь» (1967), переведенный на эсперанто, английский, немецкий, французский, итальянский, каталанский языки, его ставят рядом с книгами Примо Леви, Хорхе Семпруна, Имре Кертеса, а также триестинской трилогией, объединившей романы «Затемнение» (1975), «Трудная весна» (1978) и «В лабиринте» (1984). Автор монографии о С.Козовеле (1993) и других работ о литературе.
Романы Бориса Пахора переведены на многие языки мира, он выдвигался кандидатом на Нобелевскую премию. Пахор получил премию Франца Прешерна (1992), премию Юго-Восточного радио земли Баден-Баден (2002), Орден Почётного легиона (2007).