Его отец Петр Сарафов был болгарским учителем, дядя Коста Сарафов и его дед архимандрит Харитон являлись вождями борьбы за самостоятельность Болгарской церкви в Македонии.
Сарафов учился в Солунской болгарской мужской гимназии.
В 1890 году Сарафов поступает в болгарсоке Военное училище, оканчивает его в 1893 году в чине подпоручика и получает назначение в 15-й пехотный полк в Белоградчике. Там организуется офицерский кружок, куда входит и Христо Чернопеев.
В 1895 году Борис Сарафов в звании поручика переведен на службу в 1-й пехотный полк в Софии.
В 1899 году V македонским конгрессом избран председателем ВМОК. 24 марта 1901 года был арестован по подозрению в организации убийств в Румынии, сложил с себя полномочия председателя.
12 июля 1895 года чета Сарафова, насчитывающая приблизительно 70 повстанцев, атаковала город Мелник и на время захватила его. Событие получило громкий отклик в европейской печати.
После аттентата учился в Николаевской военной академии в Санкт-Петербурге.
В 1903 году был избран членом Генерального Штаба Илинденского восстания, руководил действиями повстанцев в Битольском революционном округе.
Был встречен в Софии как национальный герой.
Вождь "левого крыла" македонского движения Яне Санданский приговорил Сарафова к смерти за провал Илинденского восстания, но тот не верил в возможность покушения.
Убийство Сарафова было исполнено известным боевиком Тодором Паницей, вошедшим в доверие к убитому. Вместе с Сарафовым был убит второй заграничный представитель ВМОРО Иван Гарванов. Третий — Христо Матов случайно избежал смерти.