Свою профессиональную карьеру начал в загребском «Динамо», в сставе которого провёл пять сезонов, один раз выигрывал чемпионат, дважды Кубок и один раз Суперкубок. Из «Динамо» Боштьян дважды отправлялся в аренду: в 2001 году в «Кроацию», а в 2005 году в «Олимпию» из Любляны. В 2005 году подписал трёхлетний контракт с марсельским «Олимпиком». В составе нового клуба стал победителем Кубка Интертото в 2006 году. В августе 2007 года Цесар отправился в годичную аренду в английский «Вест Бромвич Альбион». В составе английского клуба игрок провёл 20 матчей, забил 1 гол и помог выйти в Премьер-лигу. В январе 2009 года подписал двухлетний контракт с французским «Греноблем».
С 2001 по 2003 год выступал за молодёжную сборную. 12 февраля 2003 года дебютировал в главной сборной в матче против команды Швейцарии (1:5). Первый гол за сборную забил 9 октября 2004 года в домашнем матче против Италии, который в итоге оказался победным.