Летом 1820 года её мать Тереза Новотна вышла замуж за Иоганна Панкла и изменила фамилию не только себе, но и дочери. В следующем году семья переехала в Ратиборжице, где жила бабушка Божены — Магдалена Новотна, оказавшая на неё большое влияние.
С 1826 по 1833 годы училась в школе в Ческа-Скалице.
В 1837 году по настоянию родителей вышла замуж за Йозефа Немеца (1805—1879), работавшего налоговым инспектором. По характеру службы Немец часто переводился в другие города, и семья была вынуждена переезжать вместе с ним. Брак не стал счастливым.
В 1840 году лечилась у доктора Й. Чейки, с которым подружилась, и который познакомил её с патриотически настроенными писателями. В следующем году переехала в Прагу.
В 1843-47 годах семья жила в Домажлице, где под влиянием Вацлава Болемира Небеского и Карела Яромира Эрбена Немцова начала писать по-чешски. Первым её произведением стало стихотворение «Чешским женщинам» (1843). Написав ещё несколько стихотворений, Немцова перешла на прозу. Самым заметным произведением данного периода стали публицистические «Картины домажлицких окрестностей» (1845-46) и «Народные сказки и предания» (ч. 1-7, 1845-47), занявшие особое место в её творчестве.
В 1848 году Йозеф Немец был обвинен в связях с революционерами, и начальство принялось переводить его из города в город до тех пор, пока в 1850 году не отправило в Венгрию. Немцова с четырьмя детьми переехала в Прагу, где сразу вошла в круг патриотических литераторов. В 1851 году побывала с детьми на курорте в Ческе-Тршебове, а в 1852 году отправилась к мужу в Венгрию, попутно посетив Словакию и оставив об этом путевые заметки. В последующие годы совершила ещё несколько поездок в Венгрию.
В 1853 году Йозефу Немецу снизили жалованье наполовину, а вскоре уволили. Немцова обращалась за помощью к пражским друзьям, но часто безуспешно. Это, а также последовавшая вскоре смерть сына Гинека, ещё больше обострило отношения супругов. Йозеф Немец даже подал заявление на развод, но затем отозвал его.
В том же году Немцова написала рассказ «Барушка». В 1855 году были написаны рассказы «Карла» и «Сестры», а также повесть «Бабушка», ставшая самой популярной реалистической вещью в её творчестве, и повесть «Горная деревня», которую сама Немцова считала своим лучшим произведением.
В том же году семья поселилась на Ечной улице, а через некоторое время переехала на улицу На Слупи (сейчас на обоих домах — мемориальные доски).
Немцова познакомилась с редактором газеты «Моравски новины» Франтишеком Клацелем, который публиковал её произведения, и сестрами Роттовыми (Каролиной Светлой и Софией Подлипской), а также сблизилась с маевцами, однако жила уединенно, появившись лишь на похоронах Карела Гавличка-Боровского.
Самыми яркими работами этого периода стали «Дикая Бара» (1856), «Хороший человек» (1858), «Домик в горах» (1858), «В замке и около замка» (1858), «Словацкие сказки» (1857-58), собранные и переведённые Немцовой, и рассказ «Господин учитель», ставший её последним произведением.
Осенью 1861 года покинула мужа и уехала в Литомишль, но начавшаяся болезнь и финансовые трудности вынудили её вернуться назад. 21 января 1862 года скончалась в своем пражском доме «У трёх лип» на Прикопе.
До самой смерти жила в унизительной нищете, часто голодая. Неоднократно обращалась за помощью к чешским патриотическим кругам. Эта скудная помощь особенно контрастировала с пышностью похорон, организованных теми же патриотическими кругами, и славой, полученной Немцовой посмертно.
Похоронена на Вышеградском кладбище.
Некоторые литературоведы выдвигали гипотезу о том, что Немцова была незаконнорожденной дочерью княгини Катерины Заганьской или её сестры Доротеи. В пользу этой гипотезы свидетельствуют внешнее сходство и очень теплые отношения Немцовой и Катерины Заганьской, а также то, что Немцова выглядела старше своего возраста (в качестве истинных дат рождения предлагались 1816 или 1817 годы). С другой стороны, есть веские аргументы против данной спекуляции (например, сходство сестер Панкловых), позволяющие её опровергнуть.
Биографический фильм о Божене Немцовой: «Сквозь эту ночь я не вижу ни одной звезды», 2004, Германия. Режиссер Дагмар Кнёпфель.