У Брайана есть сестра МакКенна и два брата — Брент и Джонни (не путать с Джонни Крайстом). Его отец Брайан Хейнер старший, музыкант и комедиант, известный в америке под псевдонимами «Guitar Guy» и, благодаря сыну, как «Papa Gates». Женат на Мишель ДиБенедетто (англ. Michelle DiBenedetto), сестре-близнеце жены Мэтта Шедоуса, Валери ДиБенедетто. Свадьба состоялась 7 мая 2010 года .
Брайан не до конца выучился в Музыкальном институте в Голливуде по классу джазовой гитары. Через полгода тщетных попыток выбиться в люди ему позвонил старый друг по школе The Rev и предложил быть гитаристом в их группе Avenged Sevenfold. Брайан согласился и продолжил обучение.
Хейнер пришёл в группу в возрасте 18 лет. Тогда был конец 1999 года и группа едва закончила записывать свой первый альбом Sounding the Seventh Trumpet. Потом альбом был переиздан с перепетым треком «To End The Rapture» и уже с новым полноценным членом группы — Синистером Гейтсом.
На DVD All Excess, когда участники группы рассказывали как они придумывали себе псевдонимы, у Брайана были сложности, и в голову не лезло ничего путного. Тогда однажды, с его слов, поехав в автомобиле в алкогольном опьянении, он резко остановился и у него вырвалось: «Я — Синистер Гейтс. Я не знаю, что это значит, но я охуенен!».
Он был признан несколькими журналами о гитаристах, среди них: