В течение трех лет Брэд учился в Восточной Средней школе, расположенной в Кендалвилле штат Индиана. После окончания поступает в Центральный институт, это частая средняя школа Мэне и получает образование в течение одного года.
Миллер возвращается в свой родной штат, чтобы поступить в Университет Пэрдью, расположенном в Уэст-Лафайтте, штат Индиана, где он начинает играть под руководством главного тренера Джин Кид и его помощников Брюс Вебер и Франк Кендрик. В течение первого сезона (новичков), играя с Сеньором Мартином, привели свой клуб Boilermakers к результату 25-7. Брэд набирал в среднем за игру 6.5 очка и 5.4 подбора.
В течение второго сезона (второкурсников) Брэд Миллер и его одноклубник Чад Остин, приводят к первому месту в конференции и второму месту в NCAA. Boilermakers закончил сезон с результатом 26-6. Показатели Миллера составили в сезоне второкурсников 9.6 очков и 5.5 подборов за игру.
Свой третий сезон результативность Миллера стала неумолимо расти, средние показатели составляли 14.3 очка и 8.3 подборов за игру. Финишируя вторым в конференции, Брэд с одноклубниками помогли клубу выйти во второй раунд плей-офф. Где они обыгрывают клуб Род-Айленд в добавочное время, Брэд набрал рекордное количество очков (31), 8 подборов и установил новый школьный рекорд турнира 15 попаданий из 21 бросков с линии штрафных. В течение третьего сезона Миллер доказал, что он лучший центровой в истории Пэрдью.
Брэд Миллер показал свой результативный сезон на четвертом году обучения, показатели в среднем составляли 17.2 очка и 8.8 подборов за игру. Миллер установил новый школьный рекорд турнира 6 перехватов в игре против клуба Делавэра. Самая результативная игра четвертого сезона была сыграна против штата Мичиган, в котором Брэд набрал 30 очков и 12 подборов (дабл-дабл). Во время свой четырех летней карьеры в Пэрдью, Брэд стал одним из четырех игроков сделавших 800 подборов, и единственным игроком в школьной истории набравший 1500 очков, сделавший 800 подборов и отдавший 250 передач.