Родился в семье Джейн Брекенридж, советницы по предпринимательству и программистки, и Майкла Айснера, бывшего исполнительного директора компании Walt Disney. При рождении получил имя Майкл Айснер. Учился в Гарвардской средней школе (ныне, Гарвард-Уэстлейк), Университете Джорджтауна, а также в Университете киношколы Южной Каливорнии. Дабы избежать путаницы со своим известным отцом взял себе в качестве имени псевдоним Брек.
В 2005 году Брек Айснер снял фильм «Сахара» с Мэттью Макконехи, Пенелопой Круз и Уильямом Мэйси в главных ролях. На данный момент этот фильм считается одним из самых крупных финансовых провалов в истории Голливуда.