На драфте НХЛ 1987 года был выбран в 1 раунде под общим 2 номером командой «Нью-Джерси Дэвилз». Дебютировал в лиге 9 октября того же года, а первый гол забил только спустя два месяца, но этот гол принёс победу его команде над «Нью-Йорк Рейнджерс». Свой первый регулярный сезон Брендан закончил с 26 очками, а в плей-офф, куда «Дьяволы» попали впервые за свою историю, набрал 3 очка. Каждый последующий сезон, из 3-х проведённых в команде, Шэнахан постоянно улучшает свои показатели.
25 июля 1991 года как свободный агент подписал контракт с «Сент-Луис Блюз». В сезоне 1992—1993 он впервые превзошел отметку 50-ти шайб за сезон. В сезоне 1993-1994 Брендан, забив 52 гола и набрав 102 очка, стал лучшим в своей команде, причём, как оказалось, это стали лучшие показатели в карьере.
27 июля 1995 Шенахэн года обменян на Криса Пронгера в «Хартфорд Уэйлерс». В новой команде он тоже выходит на лидирующие позиции по результативности и получает приглашение на Матч всех звёзд.
Сезон 1996—1997 кардинально изменил карьеру Брендана. Сыграв две игры и забив один гол за одного из середнячков лиги, Шенахан стал участником крупного обмена. 9 октября 1996 он и Брайн Глин были обменены в «Детройт Ред Уингз» на Пола Коффи, Кейта Примо и первый выбор драфта. Этот сезон стал одним из самых успешных для Брендана. Он стал лучшим в «Крыльях» по голам (46), очкам (87), голам в большинстве (20), победным голам (7) и броскам по воротам (323). Во второй раз в карьере принял участие в матче всех звезд. Но самое главное, помог Детройту вернуть звание обладателя Кубок Стэнли, а в следующем сезоне удержать его.
В 1999 Брендан играл в своем пятом «матче всех звёзд», а также закончил сезон, имея лучшие показатели в команде по голам (31), победным голам (5) и броскам по воротам (288).
После 9 сезонов в «хоккейном городе», 9 июля 2006 года как неограниченно свободный агент подписал контракт с «Нью-Йорк Рейнджерс», в котором отыграл 2 сезона.
15 января 2009 г. подписал контракт до конца сезона со своей первой командой — «Нью-Джерси Девилз». По условиям соглашения трёхкратный обладатель Кубка Стэнли отыграет за «Дэвилз» вторую половину сезона, а его оклад составит $800 тыс.
17 ноября 2009 года Шенахан заявил о завершении карьеры. За свою карьеру Брендан Шенахан провел в НХЛ 21 сезон, в 1524 играх регулярного чемпионата набрал 1354 очка (656 голов и 698 передач), заработал 2489 минут штрафа.