В 1992 году Брендан приобрел в Ирландии заброшенное церковное здание Quivy Church и оборудовал его как студию звукозаписи, ставшую творческой лабораторией для Перри и его проектов.
В 1997 году Перри создал музыку к художественному фильму «Sunset Heights».
В октябре 1999 года вышел в свет первый сольный альбом Брендана «Eye of the Hunter» («Глаз охотника») на лейбле 4AD. Альбом отходил от привычного для слушателей звучания Dead Can Dance: Перри выступал как автор-исполнитель песен, и основной акцент в альбоме был сделан на звучании акустических музыкальных инструментов. Вместе с тем, характерные манера пения и тексты песен способствовали в целом позитивной реакции слушателей и критики на альбом.
В 2010 году был издан альбом «Ark» («Ковчег») на лейбле Cooking Vinil с преимущественно электронным звучанием и развернутыми аранжировками электронных струнных инструментов и более близкий по настроению к работам Dead Can Dance.
В ходе концертного турне 2010 г. Брендан Перри выступил в Петербурге и Москве.