28 августа 2008 года после поражения партии на выборах и последовавших затем беспорядков в Улан-Баторе ушёл в отставку с поста лидера Демократической партии. Его сменил Норовын Алтанхуяг.
Женат, имеет 4 сыновей.
По национальности захчин. Младший из 8 сыновей пастуха. Окончил 8-классную школу в сомоне Зэрэг (Ховд, запад Монголии). Когда ему исполнилось 16 лет, вся семья переехала в Эрдэнэт, где он окончил городскую среднюю школу № 1 в 1981 году.
После школы в ожидании призыва в армию в течение года работал на горнодобывающем предприятии в Эрдэнэте. В 1982—1983 гг. находился на годичной срочной военной службе. В это время написал несколько стихотворений, опубликованных в центральной армейской газете «монг. Улаан Од» («Красная Звезда»). Благодаря этим стихотворениям после собеседования в Главном политическом управлении Монгольской народной армии он получил направление во Львовское высшее военно-политическое училище, где обучался по специальности «военная журналистика» (окончил в 1988 г.). Следующие два года работал журналистом в газете «Улаан Од».
Во время учёбы в СССР на Элбэгдоржа оказала влияние политика перестройки и гласности, проводившаяся тогда в СССР. Вернувшись в Монголию, он как журналист имел широкую аудиторию и воспользовался этим, чтобы пропагандировать идеи перестройки и гласности среди монгольских читателей, а также на встречах с заинтересованными лицами.
Утром 10 декабря 1989 состоялась первая открытая демонстрация перед Дворцом молодёжи в Улан-Баторе в поддержку демократических идей. На митинге Элбэгдорж объявил о создании Монгольского демократического союза. В течение нескольких месяцев активисты продолжали организовывать демонстрации, голодовки, забастовки учителей и рабочих. Поддержка их идей росла как в столице, так и среди сельского населения.
Политбюро МНРП, состоявшее в основном из престарелых политиков, не сумело справиться с ситуацией и пошло на переговоры с лидерами демократического движения. В начале 1990 г. премьер-министр Монголии Жамбын Батмунх распустил Политбюро МНРП и ушёл в отставку, после чего в Монголии были объявлены первые многопартийные выборы. Хотя МНРП сохранила большинство в парламенте, реформы были продолжены, а 12 февраля 1992 г. была принята новая конституция, закрепившая переход Монголии к принципам свободного рынка.
Элбэгдорж основал первую монгольскую независимую газету «Демократия» и был её главным редактором в 1990 г. За усилия по установлению свободы печати в Монголии он получил «Звезду свободы прессы» от Ассоциации монгольских журналистов в 2000 г.
Элбэгдорж основал Ассоциацию предпринимателей Монголии, которая помогла осуществить приватизацию скота пастухами, а также возвратить собственность, ранее утраченную в ходе коллективизации. После приватизации поголовье скота в Монголии возросло до более чем 30 млн голов к концу 1990-х гг., однако вновь упало после серии суровых зим. При социализме поголовье никогда не превышало 25 млн, так как государство осуществляло политику ограничения избыточного перевыпаса, однако в постсоциалистическое время прирост поголовья скота принял угрожающие для экологии страны стихийные размеры.
Элбэгдорж участвовал в создании первого независимого телеканала Eagle TV в 1994 г. Канал принадлежал Mongolian Broadcasting Company (MBC, в настоящее время принадлежит Eagle Broadcasting Company), совместному предприятию, основанному американской христианской миссионерской организацией AMONG Foundation и Mongolia Media Corporation(MMC).
Элбэгдорж избирался депутатом Великого государственного хурала трижды с 1990 по 2000 г. Он активно участвовал в подготовке и составлении новой Конституции Монголии, где гарантировалась защита прав человека, приверженность принципам демократии и рыночной экономики.
В должности председателя государственной комиссии по реабилитации Элбэгдорж стал инициатором государственного извинения перед жертвами и семьями более чем 37000 людей, репрессированных или убитых в годы правления МНРП по политическим мотивам. Он играл ключевую роль в принятии «Закона о реабилитации».
После победы демократической коалиции на выборах 1996 г. он возглавлял парламентское большинство в 1996—2000 и был вице-спикером в 1996—1998.
В 1998 г. была отменена статья конституции, запрещавшая депутатам парламента занимать посты в правительстве. 23 апреля 1998 г. Элбэгдорж стал самым молодым премьер-министром Монголии за последние полвека. Довольно быстро его репутация оказалась подмочена из-за продажи государственного «Банка реконструкции» частному «Голомт Банк», и уже через два месяца после вступления в должность он утратил поддержку Хурала. Однако, поскольку Хурал сразу не смог сформировать новое правительство, он оставался в должности до 9 декабря, всё это время президент накладывал вето на многие предложения его партии.
Его преемником стал Жанлавын Наранцацралт, бывший мэр Улан-Батора.
Уйдя в отставку, он около года обучался в Экономическом институте Университета Колорадо (г. Боулдер), где получил диплом в 2001 году. В 2002 получил степень магистра бизнес-управления в Правительственной школе им. Дж. Кеннеди Гарвардского университета.
20 августа 2004 Элбэгдорж во второй раз был назначен премьер-министром, сформировав коалиционное правительство представителей демократических партий и МНРП, поскольку парламентские выборы не принесли однозначной победы ни одной из сторон.
В августе 2005 он снял свою кандидатуру на выборах депутата от Улан-Батора в связи с угрозами МНРП выйти из коалиции. В результате депутатом стал мэр Улан-Батора Миеэгомбын Энхболд.
Энхболд объявил, что задачей правительства будет борьба с коррупцией и бедностью.
Несмотря на коалиционное соглашение, МНРП отозвала своих министров из кабинета 13 января 2006 г., в результате чего в отставку ушёл и сам Элбэгдорж. МНРП удалось сформировать новое правительство с участием перебежчиков из демократической коалиции. Новым премьер-министром стал Энхболд. Эти события вызвали демонстрации протеста, участники которых обвиняли высокопоставленных членов МНРП в коррупции.
Элбегдоржу удалось законодательно закрепить в Монголии свободу прессы и публичных демонстраций. Во время его нахождения у власти государственные газеты, телевидение и радиостанции были преобразованы в формально независимые организации с меньшим контролем со стороны государства.
Он стремился к снижению безработицы, поддерживая техникумы и специализированные профессии, обеспечивая населению дешёвые компьютеры и доступ в Интернет. Он пытался стимулировать бизнес путём снижения административных расходов, отмены многих обязательных лицензий и импортных пошлин на ряд ключевых категорий продуктов. При нём Монголия, вместе с 15 другими развивающимися странами, вступила в соглашение (APS agreement), позволяющее импортировать в ЕС большинство товаров без ввозных пошлин.
Элбэгдорж поддерживал предоставление убежища беженцам из Северной Кореи, которые прибывали в Монголию через Китай. Многие из них после этого отправлялись в Южную Корею.
Элбэгдорж согласился отправить монгольский контингент в Ирак в 2005.
В 2005 он также поддержал международные требования выпустить из заключения бирманскую оппозиционную активистку Аун Сан Су Чжи и ряд других депутатов мьянманского парламента.
На выборах 24 мая 2009 года Элбэгдорж набрал 51,24 % голосов и победил действующего президента Монголии Намбарына Энхбаяра. До этого, за всё время существования республики с 1921 года высшими руководителями страны были представители только Монгольской народно-революционной партии.
Элбэгдорж — постоянный член правления монгольского фонда «Молодой лидер» с 1992 г, а также член правления Монгольской академии политического образования с 1993 г. В 2000 г. он основал «Монгольский центр свободы» — неправительственную организацию по защите прав человека, свободы мысли и образования.
Кроме того, Элбегдорж принимал участие в ряде международных организаций и акций, в том числе под эгидой ООН. Он часто читает лекции в университетах и других публичных учреждениях Монголии и за рубежом.
Цахиагийн Элбэгдорж является давним и страстным болельщиком миланского «Интера»