Дашдоржийн Нацагдорж родился 17 ноября 1906 года в районе озера Гун Галуутай, в Дархан-чинванском хошуне Тушэту-ханского аймака Внешней Монголии (современный сомон Баяндэлгэр аймака Туве) в обедневшей княжеской семье (хохь тайджи). Первое образование Нацагдорж получил у домашнего наставника; с 10 лет вёл собственный дневник. После национальной революции 1911 года Нацагдорж работал писарем в военном министерстве правительства Богдо-гэгэна VIII.
В 1921 году Нацагдорж поддержал народную революцию, и в следующем году вступил в Монгольскую народную партию. В 1924 году на III Съезде МНРП избирался кандидатом в члены Президиума ЦК партии.
В 1925 году Нацагдорж был направлен в ленинградский Институт нацменьшинств, где он за один год овладел русским языком, познакомился с русской и советской литературой, посещал театры и музеи. С 1926 года обучался в Берлине в Институте журналистики, серьёзно изучал немецкий язык и историю. В 1929 году Нацагдорж вернулся в Монголию и выступил одним из создателей первого литературного объединения, преобразованного позже в Союз писателей Монголии.
На монгольский язык с немецкого он перевёл Ги де Мопассана, Эдгара По, рассказы Джека Лондона и сказки из книги «Тысяча и одна ночь». Нацагдорж был первым переводчиком произведений Пушкина на монгольский язык. Им переведены стихи «Анчар», «Ворон к ворону летит», «Земля и море», «Узник», «Пробуждение», «Зимняя дорога» и повести «Выстрел», «Пиковая дама». Валентин Катаев назвал его «монгольским Пушкиным».
Начиная с 1930 года Нацагдорж постепенно разочаровывается в господствовавшей в стране идеологии. Он даже был арестован в 1932 году, однако в том же году освобождён. Умер 13 июня 1937 года в возрасте 31 года.
Творческое наследие Нацагдоржа — около 100 стихотворений, рассказы, повести, пьесы, которые в основном были опубликованы после его смерти. Первый сборник его трудов «Избранное» (1945) составлен известным монгольским писателем Ц. Дамдинсурэном. Следующая книга, «Сборник сочинений» (1955), была подготовлена филологом Б. Содномом и содержит 94 произведения автора и 5 переведённых им стихотворений. Драма «У трёх холмов» (или «Три печальных холма», монг. Учиртай гурван толгой), положенная на музыку Б. Дамдинсурэна и Б. Смирнова при участии Д. Нaмдага, стала одной из первых монгольских опер.