Испанец по происхождению, он родился в Кастилии, получил образование в Алькале и Париже. Там же он сошёлся и подружился с Игнатием Лойолой, вместе с которым положил начало ордену иезуитов. По настоянию Лайнеза, первым генералом избран был Лойола. После смерти Игнатия Лойолы (1556) генералом становится Лайнез, при котором орден был окончательно сформирован. В 1561 он посетил Францию для борьбы с ересью, причём обнаружил по отношению к протестантам сравнительную умеренность и человечность; после его поездки иезуитов допустили в эту страну, хотя и на особых условиях. Особенно энергично Лайнез стоял на страже интересов папской власти на Тридентском соборе.