Дмитрий Дмитриевич Педашенко родился в 1868 году.
Высшее образование Педашенко получил на естественном отделении физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета, по окончании которого был оставлен при университете преподавать по кафедре зоологии.
В 1895 году назначен хранителем, а в 1898 году лаборантом зоологического кабинета.
В 1900 году защитил диссертацию на степень магистра зоологии.
С 1902 года читает в качестве приват-доцента эмбриологию беспозвоночных и позвоночных животных.
Педашенко написал ряд статей по зоологии для «Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона».
Дмитрий Дмитриевич Педашенко скончался в 1927 году.