Родился в 1865 году. По окончании курса на Восточном факультете Санкт-Петербургского университета поступил на службу в Министерство иностранных дел и был командирован в Китай. В 1893 году перешёл на службу в канцелярию Министерства финансов, где встал во главе отделения, ведавшего делами Японии и Кореи. Летом 1894 г. командирован в Канаду для изучения опыта железнодорожного строительства.
Когда в 1895 году был учреждён Русско-Китайский банк, Покотилов занял место директора Пекинского отделения этого банка и опять уехал в Китай для организации нового учреждения на месте. С января 1897 г. официальный агент Министерства финансов в Китае, ближайший сподвижник С. Ю. Витте, его «глаза и уши» на Дальнем Востоке. В июне 1897 г. вошёл в руководящий комитет «Синдиката для разработки рудных богатств Китая», в октябре того же года вошёл в состав правлений Русско-Корейского банка в Сеуле и Общества КВЖД; принимал активное участие в переговорах с Ли Хунчжаном о статусе КВЖД и Порт-Артура. В 1900 году наряду с другими жившими в Пекине европейцами перенёс осаду посольств боксёрами.
В 1905 г., после смерти российского посла в Китае П. М. Лессара, занял освободившийся пост; участник Портсмутской мирной конференции в качестве представителя «по железнодорожным и иным предприятиям России в Маньчжурии». Скончался в Пекине 23 февраля 1908 г. Автор исторических, политических и экономических трудов о Дальнем Востоке.