Дмитрий Митрофанович Щепкин родился в 1871 году в семье Митрофана Павловича Щепкина. Дед — профессор математики Московского университета Павел Степанович Щепкин.
Образование получил на юридическом факультете Московского университета. После университета пошёл по стопам отца, став автором множества работ по истории Московского университета.
В 1917-1920 годах активно участвовал в деятельности антибольшевистских организаций: с осени 1917 года был председателем Совета общественных деятелей, в 1919 вошел в состав Тактического центра.
31 января 1920 был арестован и приговорён Верховным ревтрибуналом при ВЦИК к расстрелу, заменённому тюремным заключением сроком на 10 лет. В 1922 году освобожден.
В 1937 году был арестован повторно, обвинен в контрреволюционной деятельности и агитации.
11 ноября 1937 года приговорен тройкой при УНКВД по Московской области к расстрелу.
Расстрелян 13 ноября 1937 года.
Реабилитирован в 1989 году.
До революции издал следующие свои труды: