Происходил из небогатого старинного дворянского рода Ильиных.
Окончил морской корпус в звании мичмана в 1764 году.
Участник Первой Архипелагской экспедиции 1769?1774 годов.
26 июня (7 июля) 1770 года командуя брандером, поджёг турецкий линейный корабль. В результате начавшегося пожара был уничтожен турецкий флот, находившийся в Чесменской бухте. За этот подвиг Д. С. Ильин награждён орденом Святого Великомученика и Победоносца Георгия IV класса.
С 1771 по 1773 год командуя бомбардирским кораблём «Молния», участвовал в обстрелах турецких крепостей в Средиземном море.
В 1774 году по состоянию здоровья направлен для дальнейшего прохождения службы в Санкт-Петербург и причислен к Санкт-Петербургской корабельной команде.
В 1777 году уволен в отставку в звании капитана 1 ранга. Умер в своём имении Демидиха, похоронен при церкви Успения Пресвятой Богородицы в селе Застижье Весьегонского уезда Тверской губернии.
В 1895 году по повелению Императора Александра III, в честь 125-летия Чесменской победы, на могиле Д. С. Ильина установлен памятник. Частично разрушенный в 20-е годы XX века, памятник лейтенанту Ильину реставрирован в 2002—2003 гг.
Имя Д. С. Ильина носили корабли Балтийского флота: минный крейсер (1887—1907) и эскадренный миноносец (1916—1919). В 2000 году базовый тральщик БТ-40 (Черноморский флот) переименован в «Лейтенант Ильин».
21 июня 2005 года решением Тверской городской думы № 67 одной из улиц города Твери присвоено имя лейтенанта Ильина.