Первые публикации стихов Д. В. Щедровицкого появились в периодической печати в 1968 году, после чего его стихи религиозно-философского содержания не допускались к печати более 20 лет. Из-за имевшегося «запрета на имя» не публиковались и другие произведения, в том числе лирические стихотворения; существовали лишь отдельные публикации за рубежом. С начала 1970-х гг. Д. В. Щедровицкий занимается поэтическим творчеством, переводами и публикуется как литературный критик. В 1981 году он вступает в Профессиональный Комитет литераторов (ныне Профессиональный Комитет московских литераторов). В 1980-е гг. появляется ряд его научно-культурологических публикаций. Тогда же становятся возможными его публичные выступления на духовно-исторические темы, которые вызывают значительный резонанс в образованных кругах. После глубоких изменений в общественно-политической жизни страны, произошедших в начале 1990-х гг., Д. В. Щедровицкий приглашается к преподаванию в вузах, начинает активно публиковаться и становится широко известным автором.
С начала 1990-х годов Д. В. Щедровицкий читает курсы по библеистике в крупнейших светских и духовных учебных заведениях Москвы: в Московском государственном университете (на филологическом факультете в рамках Университета истории культур), в Московской пресвитерианской духовной академии, в Свято-Филаретовской московской высшей православно-христианской школе и в Российском Православном университете св. ап. Иоанна Богослова, где он заведовал кафедрой библеистики. Опора прежде всего на текст самого Священного Писания, живость и доступность изложения, научная эрудиция, уважение к различным религиозным направлениям — все это в совокупности привлекло широкое общественное внимание к лекциям автора и вывело их за пределы студенческих аудиторий. На основе вузовских лекций была начата публикация фундаментального труда — «Введения в Ветхий Завет». По полноте привлечения библейского лингвистического, филологического и исторического материала, многоплановости толкований, умелому соотнесению традиционных и оригинальных богословских идей, ясности и наглядности изложения многотомник не имеет аналогов в отечественной религиозно-культурной традиции изучения ветхозаветных текстов (см. раздел Отзывы).
В целом Д. В. Щедровицкого как теолога в наибольшей степени интересуют истоки монотеистических религий — иудаизма, христианства и ислама. Отсюда его внимание к священным писаниям трех авраамических религий — Ветхому и Новому Заветам, а также Корану. Исследованию Библии посвящены наиболее крупные его труды: «Введение в Ветхий Завет. Пятикнижие Моисеево» (1994—2000), «Пророчества Книги Даниила. 597 год до н. э. — 2240 год н. э.» (2003), «Беседы о Книге Иова» (2005); священное писание мусульман обсуждается в книге «Сияющий Коран. Взгляд библеиста» (2005). Перечисленные труды постоянно переиздаются; исследования, посвященные отдельным библейским книгам, предполагается в дальнейшем включить в центральное издание — «Введение в Ветхий Завет».
Помимо крупных работ, им написано множество статей историко-богословской тематики, публиковавшихся в научных сборниках, в периодической печати (православной, протестантской, иудейской, светской), в справочных изданиях — энциклопедиях и словарях, а также в виде предисловий либо послесловий к переводным изданиям.
Ещё одно направление работы Д. В. Щедровицкого как теолога — научное редактирование и участие в редакционно-издательской подготовке трудов других авторов. Здесь можно упомянуть «Библейскую энциклопедию Брокгауза» (1999), сборники-хрестоматии «И сказал Господь Моисею…» (1998), «Руми и суфийская традиция» (2000), «Сковорода» (2002), книгу германского юриста Веддига Фрикке «Кто осудил Иисуса?» (2003), историко-богословский обзор польского автора Юлиана Гжесика «Возвращение. История евреев в свете новозаветных пророчеств» (2005) и др.
Специалисты в области библеистики, филологии, иудаики, как правило, высоко оценивают теологическое творчество Д. В. Щедровицкого.
Д. В. Щедровицкий-поэт является продолжателем классического направления в русской литературе. Его творчество характеризуется двумя основными признаками: «сгущенной» метафорикой, позволяющей передавать черты оригинального мистико-философского мировидения, и богатством культурно-исторических ассоциаций, «задействованных» в единой образной системе.
Поэзия Д. В. Щедровицкого неоднократно удостаивалась высокой оценки литературных критиков:
Вместе с тем следует отметить, что поэтическое творчество Д. В. Щедровицкого ещё ждет глубоких исследований.
Широко известен Д. В. Щедровицкий и в качестве переводчика — прежде всего поэзии духовного содержания. Ему принадлежат многочисленные переводы произведений, возникших в разные эпохи и разных странах: кумранских гимнов, древних иудейских молитв, суфийской поэзии (так, им с оригинала на языке фарси переведены все основные притчи Руми — сборник «Дорога превращений: суфийские притчи», 2007), английской (У. Шекспир, Дж. Донн, Б. Джонсон, Э. Герберт, Дж. Херберт, Г. Воэн, Р. Крэшо, А. Каули, Э. Марвелл, У. Купер, С. Т. Кольридж, А. Теннисон, Д. Г. Росетти, А. Ч. Суинберн, Ф. Томпсон, Дж. М. Хопкинс, Ф. Гревилл, У. Б. Йейтс, У. Роли, Р. Саутуэлл, Т. Сэквилл) и немецкой (К. Кульман, Г. Гейне, Р. М. Рильке, Э. Ласкер-Шюлер, Р. Хух, Г. Гессе, А. Грифиус, Э. Мерике, А. Силезиус, Т. Фонтане) классической поэзии, стихов современных зарубежных поэтов (С. Гяда, Майронис). Многие его переводы можно найти в сборниках «Поэзия Европы» (1977), «Колесо Фортуны. Из европейской поэзии XVII века» (1989), «Английская лирика первой половины XVII века» (1989), «Английский сонет XVI—XIX веков» (1990) и др.; в статью «Тайна единства. Арабская и еврейская мистическая поэзия», опубликованную в журнале «Ной» (1996), включены выполненные Д. В. Щедровицким переводы с арабского и иврита.
Культурологические работы Д. В. Щедровицкого посвящены, как правило, духовным аспектам в культурных традициях различных стран и народов. Так, для энциклопедии «Мифы народов мира» (1981—1982) им написан целый ряд статей, рассказывающих о библейских персонажах и трансформации их образов в богословии, литературе и искусстве; в статье «Ключи от входа в Гюлистан» («Дружба народов», 1985) обсуждаются вопросы точного воспроизведения понятийно-образной системы восточной поэзии при переводе художественных произведений на русский язык; в неопубликованной монографии «Миф о двойниках» исследуется древнеегипетская концепция двойников и ее влияние на культуру многих народов; академическая статья «„Дождь ранний и поздний“ (ритуал вызывания дождя в Библии…)» посвящена аллегорическим толкованиям одного из древних иудейских ритуалов и их связи с формированием представлений о Мессии; сборник «Джалаладдин Руми. Дорога превращений: суфийские притчи» (2007) содержит толкование всех основных притч персидского поэта и мистика. Имеются и другие культурологические произведения.
В 2010 году опубликовал книгу «Нефеш-терапия». В ней излагаются теоретические основы, как он утверждает, древнего медицинского направления, якобы основанного на библейском учении о взаимосвязи духовного и физического начал в человеке, а также приводятся конкретные практические рекомендации по лечению большого числа распространенных заболеваний.