Родилась в Манчестере, была удочерена семьей пятидесятников, которые жили в Акрингтоне, Ланкашир. Приёмные родители надеялись, что она станет христианским миссионером, и подростком она ходила по домам с проповедями. В 16 лет она заявила родителям, что является лесбиянкой, и ушла из дома. Во время подготовки к выпускным экзаменам за курс средней школы работала по вечерам и в выходные дни. В течение года перед поступлением в университет работала в психиатрической лечебнице, чтобы заработать на учёбу. Поступив в Оксфордский университет, изучала английский язык и литературу в колледже Св. Екатерины. После того, как она переехала жить в Лондон, её первая автобиографическая повесть «Кроме апельсинов есть и другие фрукты» («Oranges Are Not the Only Fruit») была опубликована, когда автору было 26 лет. Повесть была награждена Премией Уайтбреда за лучшую первую книгу в 1985 году, телепостановка по сценарию Винтерсон была награждена премией британского телевидения (БАФТА) за лучшую телепостановку в жанре драмы. В 1987 году её роман «Страсть» (The Passion), действие которого происходит в наполеоновской Европе, был награждён ещё одной британской литературной премией, премией Джона Ллевелин-Риза.
В то время как первая повесть Джанет Винтерсон написана в жанре реализма, её более поздние работы относятся к жанру магического реализма и исследуют границы физического и реального мира, сексуальную самоидентификацию полов.
Книги Винтерсон награждены несколькими литературными премиями. Награждена орденом Британской Империи за заслуги в литературной деятельности в 2006 году.
Её подругой на протяжении 12-ти лет, до 2000 года, была Пегги Рейнольдс (англ. Peggy Reynolds), учёная и радиоведущая Би-би-си. Другой предыдущей подругой была Пэт Кавана, её литературный агент.