Джаспер Джонс вырос в городке Аллендэйл Южная Каролина и, описывая этот период своей жизни, он сказал, «В месте, где я вырос, не было художников и искусства, я действительно не знал, что это такое». Джонс некоторое время учился живописи в университете Южной Каролины — с 1947 по 1948, в общей сложности три семестра. Затем он переехал в Нью-Йорк, где познакомился с Робертом Раушенбергом, от которого воспринял передовые идеи в современном искусстве. Работая вместе, они осваивали арт-сцену и развивали свои идеи в искусстве. На Джаспера Джонса также оказали влияние идеи Марселя Дюшана. «Велосипедное колесо» и другие редимейды Дюшана стали источником вдохновения для серии предметов, отлитых в бронзе, которую художник создал в конце 1950-х — начале 1960-х годов. В 1958 владелец галереи Лео Кастелли открыл для себя Джонса во время визита в студию Раушенберга.
Наиболее значительными произведениями Джаспера Джонса принято считать серию его ранних живописных работ, созданную во второй половине 1950-х годов. Наиболее известная работа Джаспера Джонса Флаг (1954-55), которую он нарисовал после сна об американском флаге. Его работу порой относят к нео-дадаизму, а не поп-арту, несмотря на то, что он часто использует образы массовой культуры. Ранние работы созданы с использованием таких простых образов, как флаги, карты, мишени, буквы и цифры. Трактовка поверхности часто сочная и живописная. Художник часто включает энкаустику и рельеф в свою живопись. Скульптуры Джаспера Джонса представляют собой отлитые в бронзе обыденные предметы, например электрический фонарик, лампочку или зубную щетку. Одно из наиболее известных произведений Джаспера Джонса — две бронзовые банки из-под пива.
В 1998 Музей Метрополитен в Нью-Йорке заплатил более 20 миллионов долларов за Белый флаг Джонса.
В данное время Джаспер Джонс проживает в Коннектикуте и является самым дорогим здравствующим художником