Гарднер родился в городе Глен, Серпентин, Бланделлсэндс, неподалеку от Ливерпуля, Англия, в богатой семье. Его род прослеживался до Гриссэль Гарднер, которая была сожжена как ведьма в 1610 году в Ньюбурге. Дедушка Гарднера женился на женщине, имевшей репутацию ведьмы. Считалось[кем?], что некоторые дальние родственники Гарднера обладали экстрасенсорными способностями.
Джеральд был средним из троих сыновей. Его воспитанием занималась ирландская няня Джозефина «Ком» МакКомби. Семейным бизнесом Гарднеров была компания «Джозеф Гарднер и Сыновья», одна из старейших в Великобритании компаний, занимающихся поставками древесины. С раннего детства Гарднер страдал астмой. Няня убедила родителей Джеральда в необходимости вывести мальчика на континент с более теплым климатом. Сначала Ком путешествовала по Европе, а затем вышла замуж за человека, жившего на Цейлоне. В конечном итоге они вместе обосновались в Азии, где Гарднер провел большую часть своих молодых лет. Позже он переехал на Борнео и затем в Малайзию, где он выращивал каучук. Там он познакомился с местными жителями и изучал их религиозные верования, которые произвели на него огромное впечатление.
После 1923 года он занимал пост государственного служащего, в частности служил правительственным инспектором в Малайи. В 1927 году он женился на англичанке Донне, с которой прожил в браке более 33 лет. В 1936 году, в возрасте 52 лет, он ушел в отставку и вернулся в Англию. Он опубликовал эссэ «Крис и другое малайское оружие» (1936), основанный на его полевых исследованиях в области юго-восточного азиатского оружия и магических практик.
В том же году Джеральд и Донна переехали из Лондона в Хайклифф, находящийся к югу от Нью-Форест, графство Гемпшир. Здесь он стал увлечённо заниматься оккультизмом и нудизмом.
Гарднер стал членом «Общества Фольклора» (англ. ) в 1939 году. Первым его вкладом в журнал «Фольклор», вышедший в июне 1939 года, было описание шкатулки с колдовскими реликвиями. Позже, в 1946 году, он стал членом общественного комитета. Гарднер стремился к получению различных званий. Одно время он утверждал что имеет докторскую степень университетов Сингапура и Тулузы.
Гарднер издал два литературных произведения, «Пришествие Богини» (1939) и «Помощь Высшей Магии» (1949) под псевдонимом Скайр. Затем он опубликовал еще две книги, «Колдовство Сегодня» (1954), и «Значение Колдовства» (1959), где Гарднер описывает традицию колдовства, в которую был посвящен. Он утверждал, что «Помощь Высшей Магии» - это попытка описать традицию под маской литературных произведений, не раскрывая тайн. Будучи связанным обетом молчания, он получил разрешение раскрыть «истинную суть колдовства» лишь после отмены Колдовского Акта (англ. ) в 1951 году.
В 1960 году жена Гарднера, Донна, умерла. Её смерть негативно отразилась на его здоровье: возобновились приступы астмы. В 1964 году Гарднер умер от сердечного приступа, на корабле, на котором он возвращался из поездки по Ливану. Он был похоронен на берегу Туниса, следующей остановке корабля. на его похоронах присутствовал лишь капитан корабля The Scottish Prince.