Сэлинджер вырос на Манхэттене, начал писать рассказы в средних классах, несколько коротких историй было опубликовано в начале 1940-х годов до того, как стал солдатом во Второй мировой войне. Первые рассказы были опубликованы в журнале «Story», основанном Уитом Бёрнеттом. В 1948 году Сэлинджер публикует высоко оцененный критиками рассказ «Хорошо ловится рыбка-бананка» в журнале The New Yorker, где было опубликовано большинство его рассказов. В 1951 году Сэлинджер издаёт свою повесть «Над пропастью во ржи», которая мгновенно снискала любовь читателей и оглушительный успех. Его изображение процесса взросления и потери детских иллюзий в образе главного героя Холдена Колфилда оказала огромное влияние на поколение молодых читателей. До сих пор произведение остаётся одним из самых читаемых и противоречивых с объёмом продаж в 250 тысяч копий ежегодно.
Родился 1 января 1919 года в Нью-Йорке. Его отец — Соломон Сэлинджер (1887—1974), еврей литовского происхождения, зажиточный оптовый торговец копчёностями и сырами (его родители происходили из Ковенской губернии — отец, врач Саймон Сэлинджер (1860—1960), из Тауроги, мать — Фанни Копланд (1865—1929) — из Баронишек). Мать Джерома, Мириам Сэлинджер (до свадьбы носившая имя Мэри Джиллик) — шотландско-ирландского происхождения. Дорис, единственная сестра Джерома, была старше его на восемь лет и два месяца.
Отец стремился дать сыну хорошее образование. В 1936 году Джером закончил военное училище в г. Вэлли-Фордж, штат Пенсильвания. Здесь он сочинил свои первые рассказы. Летом, в 1937 году Джером слушает лекции в Нью-Йоркском университете, в 1937—1938 вместе с отцом едет в Австрию и Польшу (здесь в Быдгоще он по указанию отца изучает производство колбас). Вернувшись на родину, в 1938 году посещает лекции в Урсинус-колледже (Пенсильвания). В 1939 году поступает в Колумбийский университет, где слушает курс лекций о коротком рассказе, который читал редактор журнала «Стори» У. Бернетт. Ни одно из высших учебных заведений Джером так и не закончил, не проявив ни особых успехов, ни карьерных устремлений, чем вызвал недовольство отца, с которым он в конце концов рассорился навсегда.
В 1942 году был призван в армию, закончил офицерско-сержантскую школу войск связи, в 1943 году в чине сержанта был переведён в контрразведку и направлен в г. Нэшвилл (Теннесси). 6 июня 1944 года сержант Сэлинджер в составе отдела контрразведки 12-го пехотного полка 4-й пехотной дивизии участвовал в высадке десанта в Нормандии. Работал с военнопленными, принимал участие в освобождении нескольких концлагерей.
Писательская карьера Сэлинджера началась с публикации коротких рассказов в нью-йоркских журналах. Его первый рассказ «Молодые люди» (The Young Folks) был опубликован в журнале «Стори» в 1940 году Первую серьёзную известность Сэлинджеру принёс короткий рассказ «Хорошо ловится рыбка-бананка» (A Perfect Day for Bananafish, 1948) — история одного дня из жизни молодого человека Симора Гласса и его жены. В конце 1940-х стал изучать дзэн-буддизм.
Спустя одиннадцать лет после первой публикации Сэлинджер выпустил свой единственный роман «Над пропастью во ржи» (The Catcher in the Rye, 1951), который встретил дружное одобрение критики и до сих пор сохраняет популярность среди старшеклассников и студентов, находящих во взглядах и поведении героя, Холдена Колфилда, близкий отзвук собственным настроениям. Книга была запрещена в нескольких странах и некоторых штатах США за депрессивность и употребление бранной лексики, но сейчас во многих американских школах входит в списки рекомендованной для чтения литературы. К 1961 году роман был переведён уже в двенадцати странах, включая СССР, где его напечатали в переводе Риты Райт-Ковалёвой в журнале «Иностранная литература» (№ 11 за 1960 год).
Ко времени выхода романа в различных периодических изданиях уже были опубликованы двадцать шесть произведений Сэлинджера, в том числе семь из девяти новелл, составивших в 1953 году отдельную книгу «Девять рассказов».
В 60-е годы выходят новеллы «Фрэнни и Зуи» (Franny and Zooey) и повесть «Выше стропила, плотники» (Raise High the Roof Beam, Carpenters). Героев этих произведений — членов высокоинтеллектуальной, утончённой семьи Глассов — Сэлинджер делает проводниками своих идей — синтеза дзэн-буддизма, умеренного мистицизма, нигилизма битников и толстовства.
После того как роман «Над пропастью во ржи» завоевал популярность, Сэлинджер начал вести жизнь затворника, отказываясь давать интервью. После 1965 года прекратил печататься, сочиняя только для себя. Наложил запрет на переиздание ранних сочинений (до рассказа «Хорошо ловится рыбка-бананка») и пресёк несколько попыток издать его письма. В последние годы жизни он практически никак не общался с внешним миром, живя за высокой оградой в особняке в городке Корниш, штат Нью-Гэмпшир, и занимаясь разнообразными духовными практиками (буддизм, индуизм, йога, макробиотика, дианетика), а также нетрадиционной медициной, уринотерапией, глоссолалией, гомеопатией, акупунктурой и Христианской наукой.
Сэлинджер умер естественной смертью в своём доме в Нью-Гэмпшире 27 января 2010 г. в возрасте 91 года. Информацию о смерти предоставил сын писателя, информация также была подтверждена его литературным агентом.
В СССР и России его произведения переводились и издавались, наиболее известны переводы Риты Райт-Ковалёвой.