Фергюсон родился в городе Миссула в штате Монтана 22 октября 1975 года. Когда ему было восемь, Джесси решил, что станет актёром, и присоединился к детскому театру, в котором играл 6 лет. Он закончил школу в 1994 году и продолжил учёбу в Академии музыки и танцев в Нью-Йорке.
Фергюсон начал карьеру как театральный актёр на Бродвее, а с 2000 года играет в кино и на телевидении. Первой значительной работой для него стала роль Ричи Велча в ситкоме Дэвида Крейна и Джеффри Кларика «Класс» в 2006—2007 годах. Позже он исполнил небольшую роль доктора Фаркаса в «Дурнушке Бетти». С 2009 года Джесси играет роль адвоката-гея Митчела Притчетта в комедийном сериале «Американская семейка», за которую получил номинацию на «Эмми» как «Лучший актёр второго плана».
Как и его персонаж в «Американской семейке», Джесси Фергюсон — открытый гомосексуал.