Основал Silicon Graphics, Netscape Communications, myCFO, Healtheon, «Neoteris», «Sciences DNA», Shutterfly.
Кларк является тестем Чада Хурлей (англ. Chad Hurley), сооснователя YouTube.
Мать Хазель Кларк неоднократно то расходилась, то сходилась со своим мужем. и содержала троих детей на 300 долл. в месяц. Окончив школу в 25 Кларк поступает военно-морской институт, затем в 1974 университете штата Юта он получает кандидатскую степень по компьютерным наукам, затем с 1979 по 1982 как партнер профессора при электрических разработках продолжает обучение в Стенфордском университете. Исследования Кларка касались геометрических трубопроводов, программного и аппаратного обеспечения, которые ускоряют показ трехмерных изображений.
В 1982, Джим Кларк и Еббей Сильверстоун наряду со студентом последних курсов Стэнфорда создали объединение «Silicon Graphics». При создании SGI один из основных вкладчиков ограничил долю Кларка 5 % акций, и ему пришлось выходить из бизнеса всего с 16 млн долл. через 13 лет упорнейшего труда.
в 1994 году Кларк вложил треть своих средств (5 млн долл.) в Netscape, и стал владельцем 19 % акций. Netscape помогла запустить компанию «Интернет IPO бум» на которой Кларк сумел получить огромную прибыль. Через 18 месяцев Кларк стал первым миллиардером в истории Интернета.
В 1996 Кларку пришла идея об устранении проблем страхования связанных с документами в индустрии здравоохранения — система Healtheon, сейчас известная как WebMD. На собственном опыте он убедился в том, что треть расходов пациентов при посещении врачей уходит на бумажную волокиту. (В 1996 году американцы тратили на здравоохранение 1,5 трлн долларов в год.)
В 1998 году. Компания Healtheon избежала краха только за счет преданности сотрудников.
В 1999 году доход Healtheon уже составлял около 500 млн долларов
Позднее объединившись с WebMD он открыл интернет портал Healtheon/WebMD, специализирующийся в области здравоохранения и медицинских услуг.
1998 Кларк как директор и инвестор основывает биотехнологическую компаниию «Sciences DNA», которая обанкротилась и была продана объединению «Genaissance Pharmaceuticals» в 2003.
В июне 1999-го выходит книга-биография Кларка под названием 'Время Netscape'.
В 2000 году Кларк принимает участие в создании научного центра DNA Sciences в Стэнфорде, первой в мире компании, занимающейся генетикой, ориентированной на рядового потребителя, работает с компанией SmartPipes, развивающей интернет-телефонию.
в 2000 году Кларк руководил запуском безопасной сети «Neoteris», которая была приобретена "NetScreen " в 2003,а впоследствии «uniper Networks».
В августе 2003 Он перебрался в Майами и занялся торговлей недвижимостью в составе компании Hyperion Development Group.
24 июня 2005 года сообщил об основании фирмы Commandscape Inc. в городке Редвуд, в Калифорнии. Планируется, что компания, базируясь на программном обеспечении, созданном для управления яхтами Кларка (он построил вторую, 295-футовую шхуну) и его домом во Флориде, будет заниматься автоматизацией жилых домов. Создание совершенной, полностью компьютеризированной яхты длиной 155,5 футов было его любимым занятием с 1996 года. Он владеет также Хиперион,47.5м шлюп — манипулируемая яхта с 59-м мачтой из углеродистого волокна. Афина, 90 м классическая 3-мачтовая шхуна с алюминиевыми острогами.
www.shutterfly.com — Последний интернет-проектом Кларка. Это ресурс, позволяющий создавать свой фотоальбом в Интернете. Новинка заключалась в рассылке распечатков понравившихся кадров.
Пожертвовал миллион долларов 'фонду Кларка' организованнному его сыном Майклом Кларком. В 1999 он пожертвовал миллион долларов Музею интерактивной науки и искусства в Сан-Франциско 'Эксплораториум'.
В 2001 году он был намерен потратить 150 миллионов долларов в качестве пожертвования на новые медико-биологические исследования, однако приостановил выплату в 60 миллионов долларов Стэнфордскому университету, где на деньги Кларка строится биомедицинский центр (Clark Center for Biomedical Engineering and Sciences). Причем первые 90 миллионов долларов уже выделены и освоены. Это было сделано в знак протеста против решения президента США Джорджа Буша ограничить исследовательские работы на стволовых клетках зародышей.
Осенью 2005 Кларк, наряду с Давидом Фило из «Yoo!», пожертвовали по $30 миллионов университету Тулана, кафедре инженерии, чтобы обеспечить получения образования студентам, независимо от их финансового состояния.