Джо Бонамасса родился в Нью-Йорке 8 мая 1977 года. Его отец торговал гитарами, поэтому уже в четыре года паренек практиковался на детских моделях «Chiquita». По достижении семи лет Джо перешёл на взрослый инструмент и уже наяривал блюз как настоящий ветеран. Когда Бонамассе стукнуло десять, он начал выступать на публике, а в двенадцать его попросил открыть свой концерт сам Би Би Кинг. Маститый блюзмен был просто очарован игрой Бонамассы, а вслед за этим посыпались похвалы от таких артистов как Бадди Гай, Дэнни Гэттон, Роберт Крэй и Стивен Стиллс. Будучи ещё подростком, Джо познакомился с сыном басиста «Allman Brothers Band» Берри Оукли и организовал с ним проект «Bloodline».
Группа заключила контракт с «EMI Records» и выпустила альбом, замешанный на тяжелом блюзе, буги, фанке и южном роке. Две песни, «Stone Cold Hearted» и «Dixie Peach», попали в чарты но, несмотря на успех, команда была распущена. Бонамасса решил, что он способен на большее, чем просто играть на гитаре, и начал тренировать вокальные данные.
В 2000 году Джо записал свой первый сольный альбом, «New Day Yesterday». К тому времени талант молодого блюз-рокера являлся общепризнанным, поэтому неудивительно, что в записи пластинки почли за честь поучаствовать такие личности как Грегг Оллмэн, Рик Дерринджер и Лесли Вест. Продюсированием же занимался Том Дауд, ранее работавший с Аретой Франклин, Рэем Чарльзом, Эриком Клэптоном, Родом Стюартом и другими известными музыкантами. «A New Day Yesterday» был сделан в духе таких команд как «Cream», «Lynyrd Skynyrd», «Jeff Beck Group», «Allman Brothers Band», а заглавный трек являлся кавером на одноименную композицию 1969 года группы «Jethro Tull». 2001 год Бонамасса посвятил гастролям, а в 2002-м вернулся в студию в компании Клифа Магнесса (Avril Lavigne).
В результате их совместной работы на свет появился несколько более мэйнстримовый альбом «So, It’s Like That», занявший в «Billboard Blues Chart» высшую позицию. Однако на последовавших гастролях поклонники Бонамассы все чаще требовали от своего кумира исполнения традиционного блюза, и Джо в конце концов пошёл им навстречу.
В 2003 году музыкант отобрал девять излюбленных номеров из классики жанра, добавил к ним три собственных композиции и записал диск «Blues Deluxe». Над этим альбомом, также возглавившим блюз-чарт «Биллборда», музыканту помогали работать продюсер Боб Хелд и звукоинженер Гэри Тоул (David Bowie, Jimmy Vaughan, «Bon Jovi»). В том же году Бонамасса был вовлечен в программу «Blues in the Schools», в рамках которой читал лекции об истории блюза, сопровождавшиеся его концертами. В 2004-м вышел третий студийник Джо, который продолжал линию своего предшественника. На «Had To Cry Today» были отражены влияния таких исполнителей как Би Би Кинг, Мадди Уотерс, Бадди Гай, «Yardbirds» и «Cream».
В 2005 году Бонамасса удостоился чести открыть юбилейный тур блюзового маэстро Би Би Кинга, а спустя несколько месяцев стал самым молодым членом «The Blues Foundation». В июне 2006-го музыкант выпустил новый альбом, «You & Me». Работа была спродюсирована Кевином Ширли («Led Zeppelin», «The Black Crowes», «Aerosmith», Joe Satriani) и продолжала традиции таких мастеров как Питер Грин, Джефф Бек, Эрик Клэптон и Джон Ли Хукер.
В 2009 году британский журнал Classic Rock включил Бонамассу в список величайших гитаристов всех времен.
В 2010 году Бонамасса вошел в состав супергруппы Black Country Communion, в которой кроме него играют Гленн Хьюз, Джейсон Бонэм и Дерек Шеринян. В этом же году вышел дебютный альбом группы.