В сезоне 1997 года Джона Алоизи пригласил «Портсмут», на тот момент аутсайдер второго по значимости английского дивизиона; Алоизи сразу стал игроком основного состава клуба и показывал хорошую результативность. В сезоне 1997/98 «Портсмут» с трудом спасся от вылета, а в сезоне 1998/99 к игровым проблемам клуба прибавились финансовые, и клуб был вынужден продать Алоизи за 600 000 фунтов в «Ковентри Сити» в декабре 1998 года (отметим, что вторично спастись от вылета «Портсмут» затем всё же сумел, несмотря ни на что). Всего за «Портсмут» Алоизи забил 25 мячей в 60 матчах первенства.
За 2,5 сезона в «Ковентри» Алоизи так и не смог пробиться в основной состав, причиной тому были травмы. Джон забил за «Ковентри» 10 мячей в 41 матче Премьер-лиги. После того, как «Ковентри» вылетел из Премьер-лиги в сезоне 2000/01, Алоизи ушёл из этой команды и по свободному трансферу присоединился к «Осасуне» (Памплона, Испания). Отыграл четыре сезона за «Осасуну» в высшем испанском дивизионе, был одним из основных форвардов этой команды, являвшейся середняком лиги, провёл 121 матч в Примере, забил 28 мячей. В 2005 году перешёл в «Алавес», где выступал в течение двух сезонов; в сезоне 2005/06 не смог помочь клубу избежать вылета в Сегунду.
В сезоне 2007/08, после ухода из «Алавеса», ставшего аутсайдером Сегунды, Алоизи играл на родине за «Сентрал Кост Маринерс», выиграл в его составе регулярный чемпионат, в котором команда обошла по дополнительным показателям «Ньюкасл Юнайтед Джетс», и дошёл до финала плей-офф лиги, где «Джетс» взяли реванш. Провёл за «Маринерс» 15 матчей в лиге, забил 7 мячей.
3 марта 2008 года перешёл в «Сидней». В «Сиднее» Алоизи провёл два сезона (2008/09 и 2009/10), в первом из них его команда заняла 5-е место из 8 команд в регулярном первенстве и не вышла в плей-офф, а во втором победила как в регулярном первенстве, так и в плей-офф; в течение обоих сезонов Алоизи регулярно выходил на поле. 29 марта 2010 года было сообщено о переходе Алоизи в «Мельбурн Харт» (новый клуб, который начнёт выступления в A-League в сезоне 2010/11), планируется, что Джон проведёт там один сезон, который, видимо, станет последним в его карьере.
В 1992 году, в возрасте 16 лет, привлекался в сборную Австралии до 20 лет, провёл 6 матчей, забил 1 гол. В 1997 году был впервые вызван в основную сборную Австралии. В её составе он принял участие в трёх Кубках конфедераций (1997, 2001, 2005), в первом из них дошёл до финала, где великолепная сборная Бразилии разгромила австралийцев 6:0 (по хет-трику на счету Роналдо и Ромарио); несмотря на этот унизительный разгром, выход в финал стал одним из крупнейших достижений в истории австралийского футбола; Алоизи на том турнире провёл 4 матча, забил 1 гол — в ворота мексиканцев. На Кубке конфедераций-2001 австралийцы стали третьими; Алоизи провёл на поле две игры из пяти, в обоих выходил на замену, голов не забивал; отметим, что в матче за 3-е место австралийцы взяли реванш у бразильцев (1:0, гол забил Шон Мёрфи). В 2004 году Алоизи выиграл Кубок наций ОФК в составе сборной. В том же году принял участие в футбольном турнире Олимпиады в Афинах, провёл все четыре матча, забил три гола, дошёл до 1/4 финала, где его команда уступила иракцам 0:1.
В июне 2005 года Алоизи съездил на свой третий и последний Кубок конфедераций, где забил 4 гола в трёх проведённых его командой матчах, что не спасло австралийцев от последнего места в группе. Осенью 2005 г. австралийцы, которых к тому времени возглавил Гус Хиддинк, проводили стыковые матчи за право принять участие в ЧМ-2006 с командой Уругвая (по одной игре в каждой из стран). Оба матча завершились победой принимавшей стороны со счётом 1:0, и по завершении второй игры, прошедшей в Сиднее на стадионе «Австралия», была назначена серия пенальти. При счёте 3:2 по пенальти в пользу австралийцев Алоизи забил, а удар Марсело Салайеты парировал Марк Шварцер, таким образом австралийцы выиграли и получили право сыграть на ЧМ-2006. На ЧМ Алоизи провёл все 4 матча, забил 1 гол — в ворота японцев (счёт 3:1 в пользу Австралии); его команда вышла из группы и в упорной борьбе уступила в 1/8 финала будущим чемпионам турнира — итальянцам — со счётом 0:1, установленным после того, как Франческо Тотти в самом конце игры реализовал спорный пенальти.
Всего Алоизи провёл за сборную Австралии 55 игр, забил в них 27 голов (без учёта игр за олимпийскую сборную).