Джон Фавро (урождённый Джонатан Коля Фавро) родился во Флашинге, Квинс, Нью-Йорк, сын Мэйделин, учительницы начальной школы, которая умерла от лейкемии в 1979 году, и Чарльза Фавро, учителя специальной педагогики. Мать Джона была еврейкой, а отец итальянцем-католиком с далекими франко-канадскими корнями. Джон Фавро окончил среднюю школу наук Бронкса в 1984 году и поступил в колледж Квинс, но вскоре в 1987 покинул его. Он некоторое время работал на компанию Bear Stearns на Уолл-стрит, прежде чем вернуться в колледж в течение семестра в начале 1988 года. Затем он во второй раз ушёл из колледжа. Чтобы получить аттестат ему не хватило нескольких зачетов. Поставив перед собой цель покорить киноиндустрию, Джон летом 1988 года уезжает в Чикаго, начинает играть в труппе «ImrovOlympic», но чуть позже и в «Improv Institute». Через некоторое время Фавро перебирается в Лос-Анджелес, где начал играть эпизодические роли в малобюджетных фильмах.
Первая крупная картина Джона — «Руди» (1993). На съёмках он знакомится со своим напарником — Шоном Астином. И там же Фавро знакомится ещё с одним актёром, Винсом Воном, который сыграл второстепенную роль в том же фильме. Фавро сыграл в этом фильме Ди-Боба, а Винс Вон стал его близким другом, с которым Фавро ещё много где снимался.
Примерно в то же время у Джона появилась идея сценария, которую он через несколько лет реализовал в фильме Дуга Лимана «Тусовщики» (1996). В этой картине Фавро выступил в роли сопродюсера, а также сыграл одну из главных ролей. В прокате фильм собирал много положительных отзывов и собрал хорошую кассу. На кураже своего успеха Фавро поступает предложение сыграть роль в картине «Очень дикие штучки» (1998), которая с треском проваливается. В 2000 году Фавро сыграл адвоката-друга Мэтта Мердока, которого играл Бен Аффлек, в одноимённом фильме.
Главный дебют Джона, как режиссёра, произошел в 2001 году — совместная работа с Винсом Воном в комедии «Всё схвачено» (2001).
Он также срежиссировал фильмы: «Эльф» (2003), «Затура: Космическое приключение» (2005) и, конечно же, коммерческий суперхит «Железный человек» (2008), который собрал огромную сумму в прокате — полмиллиарда долларов и в котором Джон сыграл второстепенную роль, а также его сиквел «Железный человек 2». Фавро должен был стать режиссёром фильма «Мстители», который является продолжением серии «Железного человека» и нескольких других фильмов про супергероев Marvel Comics, однако Фавро отклонил предложение, и даже на фильм «Железный человек 3» он не дал согласие.
Фавро женился на Джойе Тиллем 24 ноября 2000 года. У пары есть трое детей: сын Макс, родился 25 июля 2001 года, и две дочери, Мэйделин, родившаяся в апреле 2003 года, и Брайтон Роуз, которая родилась в августе 2006 года. Джойя Тиллем является племянницей Лена Тиллема, который работает на KGO (AM).