Джон Кеннеди младший родился спустя 16 дней после избрания президентом его отца Джона Кеннеди, с младенчества и до своей гибели в 1999 году находился на глазах у общественности. В течение первых трёх лет своей жизни жил в Белом доме, откуда в прессу попадало много фотографий взрослеющего Джона Кеннеди-младшего. Прозвище Джон-Джон (англ. John-John) получил из-за статьи одного журналиста, который неправильно расслышал, как зовёт сына отец и подумал, что в семье Кеннеди так называют младшего Джона Кеннеди. Однако это прозвище в прессе получило распространение, и хотя семья Кеннеди опровергла эту информацию и не скрывала своего раздражения по поводу прозвища, многие в США стали называть его именно так. Впоследствии в первый день обучения в школе Джон Кеннеди-младший подрался со своим одноклассником, поскольку тот назвал его Джон-Джон.
За три дня до его трёхлетия, 22 ноября 1963 года, в Далласе был убит его отец. Похороны президента Джона Кеннеди состоялись 25 ноября 1963 года в день рождения Джона Кеннеди младшего; по всему миру транслировались кадры, где Джон Кеннеди-младший салютует гробу своего отца.
После убийства отца Джон Кеннеди младший жил на Манхэттене в Нью-Йорке со своей матерью Жаклин Кеннеди. В 1968 году его мать повторно вышла замуж за греческого судоходного магната Аристотеля Онассиса, его отчим умер в 1975 году, когда Кеннеди-младшему было 14 лет.
После обучения в начальной школе поступил в академию Филлипса, после которой поступил в Брауновский университет, вопреки семейной традиции, по которой Кеннеди обучались в Гарварде. С 1989 года по 1993 год работал помощником окружного прокурора Манхэттена. В 1995 году основал общественно-политический глянцевый ежемесячный журнал «Джордж» (англ. George), после смерти Джона Кеннеди-младшего журнал был выкуплен одной из медиа-компаний и выпускался до начала 2001 года, после чего был закрыт из-за недостатка средств от рекламы.
В Америке Джон Кеннеди младший был очень популярной фигурой, в прессе считался одним из завидных женихов США. Прессой же ему приписывались многочисленные романы со знаменитостями, с такими как Мадонна или Дэрил Ханна. 21 сентября 1996 года он женился на Каролин Джен Бессетт, в церемонии участвовала его сестра Кэролайн Кеннеди и его кузен Энтони Станислас Радзивил. Детей у Джона и Каролин не было.
16 июля 1999 года Джон Кеннеди младший, со своей женой и её сестрой, вылетел из аэропорта округа Эссекс в Нью-Джерси на лёгком самолёте «Пайпер Саратога». Кеннеди сам управлял самолётом и направлялся в штат Массачусетс на свадьбу своей двоюродной сестры Рори Кеннеди, младшей дочери Роберта Кеннеди (родившейся уже после его убийства). Самолёт разбился, упав в Атлантический океан на большой скорости. Как показало расследование, катастрофа произошла из-за дезориентации в пространстве и из-за плохой видимости. Записи с радаров показали также, что самолёт, возможно, на некоторых участках полёта находился на автопилоте. Тем не менее, считается, что если бы в момент катастрофы автопилот был включён, дезориентации в пространстве не наступило бы, поскольку это чисто человеческая ошибка. Джон Кеннеди-младший был относительно опытным пилотом и часто летал этим маршрутом в тёмное время суток, тем не менее, считается, что катастрофа произошла из-за его ошибки в условиях плохой видимости. По указанию президента США Билла Клинтона, после смерти Кеннеди-младшего был объявлен траур и на Белом доме был приспущен государственный флаг США. В поиске обломков самолёта и тел погибших участвовали корабли ВМС США. Останки погибших были кремированы и развеяны с корабля недалеко от берегов острова Мартас-Винъярд.
Джон Кеннеди-младший с отцом в Белом доме, 1963 год.
Джон Кеннеди-младший салютует гробу своего отца.