Келлог родился в городе Тайрон, Мичиган, в семье Джона-старшего Келлога (1806–1881) и Анны Стэнли (1824–1893). У него было 2 сестры. В 1860 году вся семья переехала в город Бэттл Крик, где отец Келлога основал фабрику по производству веников.
Окончив Мичиганскую нормальную школу, а позднее и Нью-Йоркский университет Джон Келлог получил диплом врача. 22 февраля 1879 года он женился на Элле Итон (1853–1920). Они не имели своих детей, однако вырастили свыше 40, только 7 из которых были законно усыновленными. В 1943 году Келлог умер и был похоронен на кладбище Оак-Хилл.
В 1994 году Аланом Паркером был снят комедийный фильм Дорога на Вэлвилл, в котором рассказывается о тяготах пребывания семейной пары в санатории доктора Келлога. В фильме показано, что в санатории установлена строгая вегетарианская диета, сексуальная жизнь пациентов ограничивается и практикуется большое количество физических упражнений. В целом фильм иронизирует над увлечением жителями США конца XIX — начала XX века новомодными средствами оздоровления. Фильм был снят по мотивам новеллы «Дорога на Вэлвилл» (англ. ), американского писателя Тома Бойла.