Об английском драматурге см. статью: Лили, Джон
Джон Лилли был видным членом калифорнийской контркультуры учёных, мистиков и мыслителей конца 1960-х и начала 1970-х. Альберт Хофманн, Грегори Бейтсон, Ричард Алперт, Тимоти Лири, Вернер Эрхард и Ричард Фейнман были частыми гостями в его доме.
Джон Лилли родился 6 января 1915 года в 7:30 в городе Сент-Пол, штат Миннесота. Родители его были глубоко верующими католиками. Это оказало влияние на формировании личности Джона (представления о грехе, искуплении). Впоследствии на эту почву упали идеи Фрейда о глобальном чувстве вины и породили стремление сделать мир лучше, а людей — более открытыми друг к другу и природе.
Джон был хрупким, болезненным мальчиком. Физическая слабость обострила его внешние и внутренние чувства, он рос вдумчивым, склонным к анализу своих и чужих ощущений, переживаний, поступков. Он очень рано духовно отдалился от своих родителей и сверстников, погрузился в мир раздумий, много наблюдал за природой.
Когда Джону было 10 или 11 лет, родители перевели его из обычной школы в католическую школу Св. Луки, где его стали готовить к службе при алтаре: он учил молитвы, пел в хоре. Поначалу Джон был горд своими успехами, но вскоре осознал, что церковь — не его место.
Подростком Джон был по-своему очень религиозен, но отказался принять официальную догматику католической церкви: он не выносил стеснения своей свободы, всегда отстаивал право на самостоятельное мышление. По просьбе Джона родители забрали его из школы Св. Луки и перевели в академическую школу в его родном городе Сент-Пол.
В 1933 году он успешно сдал экзамены в Калифорнийский технологический институт. Курс общей биологии вел знаменитый профессор Томас Морган; под его руководством Джон с увлечением занимался эмбриологией и генетикой. Его заинтересовали проблемы возникновения и развития жизни, разума. В 1938 Джон успешно окончил институт.
После этого он изучал анатомию и физиологию мозга в Военно-медицинской школе в Дартсмусе и получил медицинскую степень в Университете штата Пенсильвания в 1942.
В течение Второй мировой войны, он исследовал физиологию высотного полета и изобрел инструменты для измерения газового давления.
После войны он практиковался в психоанализе в Университете Штата Пенсильвания и начал исследование физических структур мозга и его сознания. В 1951 Лилли выпустил статью, описывающую, как можно отображать паттерны электрической мозговой деятельности на катодном лучевом экране, используя электроды, которые он специально изобрел для вставки в живой мозг.
В 1953, он занял место исследователя нейрофизиологии в американском Центре Здоровья отставных офицеров. В 1954, следуя желанию отключить внешние стимулы от мозга, он изобрел первую в мире изолированную барокамеру: темный звуконепроницаемый резервуар с теплой соленой водой, в которой субъекты могли плавать в течение долгих периодов времени в состоянии сенсорной депривации (изоляции). Доктор Лилли вместе со своими коллегами были первыми, принявшими участие в этом исследовании.
Его поиски привели в итоге к вопросу о мозге других больших разумных млекопитающих, и в конце 1950-х, он основал центр, посвященный созданию коммуникации человека и дельфина: Научно-исследовательский институт Коммуникации Сент Томаса на Вирджинских островах. В начале 1960-х, доктор Лилли с сотрудниками написал несколько статей, сообщавших, что дельфины могут подражать человеческим образцам речи. Последующие исследования сознания дельфинов, однако, выявили трудности в повторении его результатов.
В начале шестидесятых он получил представление об ЛСД и начал ряд экспериментов, в которых он принимал психоделики в изолированных барокамерах в компании дельфинов. Эти события описаны в его книгах «Программирование и метапрограммирование человеческого биокомпьютера: теория и эксперименты» и «Центр Циклона» (обе изданы в 1972 году). Он конфиденциально признал, что его работа над ЛСД была частью MKULTRA.
В итоге его карьера приняла другой оборот, став чем-то средним между ученым, мистиком и автором, издавшим в сумме 19 книг (включая «Человек и Дельфин» и «Мышление Дельфина»).
В середине и в конце 1970-х он был советником тогдашнего развивающегося кинопроизводителя Джорджа Лукаса.
В 1980-х Лилли вел проект, в котором попытался преподавать дельфинам синтезированный компьютером язык. Позже доктор Лилли создал проект для будущей «лаборатории коммуникаций», которая будет плавающей гостиной комнатой, где люди и дельфины могли общаться на равных, и где они нашли бы общий язык. Джон предвидел, что наступит время, когда убийство китов и дельфинов прекратится, «не из-за закона, который примут, а благодаря каждому человеку, понимающему с рождения, что они являются древними, разумными земными жителями; с огромными сведениями и огромной силой жизни. Не те, кого нужно убивать, но те, от кого нужно чему-то учиться».
Последние годы своей жизни Джон Лилли жил на Гавайях и был известен своей эксцентричностью, а также устойчивой склонностью к кетамину. Он умер в 2001 в возрасте 86 лет.